Как представляется, предложение нуждается в правке, поскольку очевидно отступление от логико-понятийных оснований описания  (хотя современная речевая практика свидетельствует о распространенном уклонении от таких оснований). Логические основания: проведения процедур не требовали документы; 2 % от общего числа — это количество документов.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

В данном случае слово «Устав» пишется с прописной буквы, так как это сокращенное название конкретного документа. Такая практика сложилась в текстах официально-делового стиля. Например: Устав ООО "Ромашка", принятый на заседании правления ООО 13.05.203 (далее — Устав).
 

При оформлении даты используют кавычки, только если необходимо вставить число от руки в машинописный текст. В остальных случаях кавычки не нужны. Слово заказчик в тексте пишется без кавычек.

Интересующее Вас явление фиксируется как минимум с 1935 года (на самом деле существенно раньше). В словаре Д. Н. Ушакова читаем: Лечить. Принимать меры к прекращению какой-нибудь болезни. Лечить туберкулез.

Вряд ли этот вопрос может быть решен лингвистами. Числовые показатели нормальной температуры и пониженной температуры не устанавливаются нормами языка. В словарях русского языка указано лишь, что нормальный – это соответствующий норме (нормам); общепринятый, установленный или обычный; пониженный – оказывающийся ниже нормального, обычного. Однако есть ГОСТ 9249 – 59 «Нормальная температура» (речь в нем идет об установлении единой температуры, называемой нормальной, для мер и измерительных приборов), в котором указано: «Нормальная температура устанавливается равной 20 °С».

Запятая факультативна, окончательное решение о ее постановке принимает автор текста. Но при этом практика письма показывает, что составной подчинительный союз из-за того что обычно расчленяется (т. е. запятая ставится между частями союза) и в начале, и в середине предложения. См. также «Справочник по пунктуации».

В большинстве доступных нам письменных источников аббревиатура НГУПС не склоняется. Вместе с тем известно, что в речи людей, самым непосредственным образом связанных с тем, что обозначено сокращением, могут встречаться и склоняемые образцы. Возможно, подобная речевая практика оправдывает и вариант В НГУПСе прошла спартакиада среди преподавателей.

В прямой речи персонажей местоимение вы, даже обращенное к одному лицу и даже произносимое с подчеркнутым уважением, принято писать со строчной буквы: Молодой человек взволнованно произнес: «Я хочу быть вашим учеником». Такова практика русского письма, отраженная, например, в многочисленных изданиях классической литературы.