Эти правила вовсе не взаимоисключающие. Выделяется запятыми конструкция с союзом то есть, но после самого союза запятая не ставится (она ставится в конце всей конструкции).

На Ваш первый вопрос о «полумягких» согласных был дан, как нам представляется, исчерпывающий ответ. В частности, в нашем ответе было сказано, что твердые согласные в современном русском произношении реализуются как «полумягкие» (или, если использовать фонетическую терминологию, невеляризованные) звуки в позициях перед мягкими согласными. Другими словами, твердые согласные, которые перед гласными являются веляризованными (см. наш предыдущий ответ), теряют свою веляризацию перед мягкими согласными и на слух воспринимаются как несколько менее твердые, или «полумягкие».

В том же ответе нами были приведены примеры транскрипции слов дверь, твёрдый в фонематической и фонетической транскрипции /дв’ер’/ = [д·в’ер’], /тв’ордыj/ = [т·в’ордыj], где «полумягкость» обозначена точкой вверху после согласного. Ср. двор, твой /двор/ = [двор], /твоj/ = [твоj], где первые согласные произносятся как полноценно твердые, т. е. веляризованные.

В русской фонетической транскрипции веляризованность твердых согласных традиционно не обозначается, так как она в сущности не ощущается неискушенными носителями языка. Но она может быть и обозначена. Так, в Международном фонетическом алфавите (МФА) для это цели имеется специальный символ ˠ (ср. двор [дˠвˠорˠ], твой [тˠвˠоj]), но его не принято использовать, потому что он лишь загромождает транскрипцию и практически ничего не дает. Носители русского языка не ощущают веляризованности, как, впрочем, и ее отсутствия, т. е. «полумягкости».

Другое дело твердость и мягкость согласных. Приведенные нами слова дверь и твёрдый с «полумягкими» согласными в старомосковском произношении произносились с полноценно мягкими согласными (а не «полумягкими»!): /д’в’ер’/ = [д’в’ер’], /т’в’ордыj/ = [т’в’ордыj]. Сейчас такое произношение встречается редко и рассматривается как особенность старшей нормы литературного произношения. И носители языка при некоторой тренировке легко могут научиться слышать разницу в старшей и младшей норме произношения первых согласных слов дверь и твёрдый, потому что «полумягкие» – это реализация твердых согласных, а «полноценно мягкие» – мягких: ср. /д’в’ер’/ = [д’в’ер’], /т’в’ордыj/ = [т’в’ордыj] (старшая норма) и /дв’ер’/ = [д·в’ер’], /тв’ордыj/ = [т·в’ордыj] (младшая норма).

Чтобы ответить на Ваш вопрос, обратимся к латинско-русскому словарю И. Х. Дворецкого. Действительно, в латинском есть два глагола: consumere со значениями «расходовать, использовать, проедать» и др. и consummare, одно из значений которого «завершать». Вполне вероятно, что у разных значений слова консумация разное происхождение, которое Вы приводите со ссылкой на английские источники. Однако из этого автоматически не следует, что и по-русски они должны иметь различное написание. Этимологическое удвоение согласных в русском языке нередко утрачивается, тому есть много примеров:  команда (фр. commande), комендант (фр. commandant), комиссия (лат. commissio), литература (лат. litteratura) и многие другие. (Конечно, есть и много случаев, когда оно сохраняется.) Ср. также слова грамота и грамматика, которые пишутся по-разному, несмотря на то что восходят к одному греческому источнику. Язык — очень сложная система, и это относится также и к его письменной форме.

Что касается слова консумация, то в общедоступных источниках (а это «Русский орфографический словарь» и его интернет-версия «Академос») оно пишется с одним «м» без уточнения значений. В словарях Л. П. Крысина и Е. Н. Шагаловой присутствует только современное значение. В «Большом академическом словаре», доступном в интернете, данное слово отсутствует вообще, в МАСе тоже. В интернет-источнике (Википедии) приводятся оба значения, но в одном написании.

Поэтому не стоит усложнять и без того сложную нашу орфографию. Давайте оставим всё как есть. Однако и написание с удвоением согласного «м» в историческом значении слова, если вдруг оно встретится, мы бы не считали ошибкой. 

Спасибо Вам за столь внимательное отношение к проблемам языка и письма.

Слово «теперь» здесь не вполне справедливо: словари пишут о допустимости ударения до́говор (при предпочтительном догово́р) уже много десятилетий. В словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (1959) указано: догово́р и допустимо в разговорной речи до́говор. Что касается нормативной оценки варианта договора́, то она в разных словарях неодинаковая: где-то такое ударение считается допустимым, а где-то ошибочным.

Студентам можно сказать правду: в образцовой литературной речи по-прежнему следует использовать вариант догово́р, догово́ры, при этом ударение до́говор не ошибочно, но гораздо менее желательно.  

Общее правило, по которому запятая в сложносочиненном предложении ставится перед союзом и во всех случаях, кроме особо оговоренных, содержится и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года (§ 137), и в справочнике Розенталя (§ 104), и в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под редакцией В. В. Лопатина (§ 112).