1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

С прилагательными, начинающимися буквой э, частица не пишется точно так же, как и со всеми остальными прилагательными (см. правила). Особых правил для прилагательных на э нет.

Пишет Макс Фасмер:

Праславянское *medvědь (первоначально "поедатель меда", от мёд и *ěd-) представляет собой табуистическую замену исчезнувшего индоевропейского слова (ср. греч. ἄρκτος, лат. ursus). 

Корректно: ското-место. Ср.: койко-место, машино-место, пассажиро-место. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.

Да, такая номинация вполне возможна. Ср. зафиксированные нормативными словарями прилагательные: тури́стско-рекреацио́нный, тури́стско-экскурсио́нный. См. также https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/slovar-trudnostey/turistskiy-i-turisticheskiy#:~:text

Первая часть ретро- пишется со словами слитно, однако в данном случае вторая часть начинается с прописной буквы, а потому верно с дефисом: ретро-Москва. См. правила координации. 

Здесь правильнее говорить о написании первых частей сложного слова. Элементы кино, фото и вело пишутся слитно с последующим словом, в том числе со словом тур. Ср.: шоп-тур.

Словари собственных имен (см., например: Ф. Л. Агеенко. Собственные имена в русском языке. М., 2001) фиксируют вариант Дубай (Дибай). Правильно: в Дубае (Дибае). Ср.: сарай – в сарае.

Корректно: кое-что таки... подправила. Здесь частица таки соотносится по смыслу не с местоимением (кое-что), а со стоящим в конце предложения глаголом (подправила). Ср.: кое-что я бы таки подправила.

Единственно верное написание предлога со значением "во время, в ходе": в течениЕ. Ср.: в течение всей жизни - в течении реки (во втором случае течение - это существительное).