Кавычки в обоих случаях не требуются, но Вы все же можете их поставить.

Последняя из указанных запятых не нужна: Командировать Иванова Ивана Ивановича, ведущего специалиста, в Х область, г. Х, ОАО "Рога и копыта", 14 октября 2019 г. на 1 день для проведения выездной проверки...

Надо поставить одну точку. Две точки рядом не ставятся.

Союз как здесь имеет значение 'в качестве', запятая перед ним не нужна (см. пункт б) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).

Правильно: ...менеджера Петрова Николая Николаевича.

Корректно написание со строчной буквы.

Дефисное написание орфографических норм не нарушает. Напротив, иноязычные топонимы, которые в языке-источнике пишутся раздельно, в русском пишутся, как правило, именно через дефис, ср.: Нью-Йорк (англ. New York), Буэнос-Айрес (исп. Buenos Aires), Кутна-Гора (чеш. Kutná Hora). Дефисное написание будет правильным и в приведенных Вами примерах.

Смущает только двойное с в Гросс-Кёрис. Немецкое Groß в географических названиях обычно передают как Грос-, ср.: Гросглокнер (нем. Großglockner), Гросер-Арбер (нем. Großer Arber) – такие написания фиксирует «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. По аналогии следует рекомендовать написание Грос-Кёрис.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Женские личные имена восточного происхождения, оканчивающиеся на ударный -Я, имеют в дательном и предложном падеже окончание -Е. Правильно: Альфия – Альфие. Вариант Альфии будет правилен только в том случае, если ударение в имени падает на А.

Логичным будет поставить точку после фрагмента кода: Откройте этот файл и введите следующее содержимое: def add_one(number): return number + 1. Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям. Если есть опасение, что читатель воспримет точку как элемент кода, а не знак конца предложения в тексте-инструкции, можно отвести фрагменту кода отдельную строку:

Откройте этот файл и введите следующее содержимое:
ef add_one(number): return number + 1
Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям.