Правильно: подземный переход через железную дорогу.

Правильно: Её мысли были крайне путаны. Её мысли всегда путаны.

Правило таково. Краткие формы прилагательных с качественным значением, полные формы которых передаются на письме с одним н, пишутся так же, как полные. Примеры: делана, делано, деланы (от деланый 'неестественный, принуждённый'); путана, путано, путаны (от путаный 'нелогичный, сбивающий с толку'); учёна, учёно, учёны (от учёный 'основательно знающий что-либо'). Так же пишутся формы сравнительной степени (деланее, путанее, учёнее) и наречия на -о (делано, путано). См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. М., 2016. § 104.

И раньше, и ранее – обстоятельственные наречия времени, а также формы сравнительной степени к наречию рано. Однако у них есть различия в значении (раньше употребляется в значении «прежде; в первую очередь; за некоторое время до чего-либо»; ранее — в значении «прежде какого-либо времени, до какого-либо момента или срока») и стилистической окраске (ранее считается выражением книжным, литературным, свойственным как высокому, так и официально-деловому стилям; раньше чаще употребляется в разговорной речи).
Кроме того, ранее может быть и предлогом в сочетании с существительным в форме Р. п.: Я не вернусь ранее (до) утра.

Дело в том, что языковая норма меняется и не всегда легко уловить тот момент, когда еще вчера считавшееся новым сделалось нормативным, а всегда считавшееся единственно верным вдруг стало оцениваться как устаревающее. С нормами ударения это наиболее заметно. 

В частности, лингвисты давно наблюдают за колебаниями ударения у глаголов на -ировать, которые освоены русским языком сравнительно недавно (в середине ХХ века их насчитывалось едва ли 5 сотен). Изначально ударение у таких глаголов падало на последний гласный суффикса (-ирова́ть), но достаточно быстро стало смещаться к середине слова. Например, в изданном в 1909 году словаре В. Долопчева "Опыт словаря неправильностей в русской разговорной речи" оценивалось ка сугубо ошибочное произношение слов блоки́ровать, вальси́ровать, форси́ровать и других. Процесс передвижки ударения у глаголов на -ировать с последнего гласного суффикса (-ирова́ть) на первый (-ировать) (а у образованных от них причастий с -иро́ванный на -и́рованный) продолжается и сегодня. У отдельных глаголов этого типа место ударения стало показателем их значения в современном русском языке, например: бронирова́ть (более старое) – 'покрывать броней' (брониро́ванный) и брони́ровать – 'закреплять что-либо за кем-либо' (брони́рованный). Так, Русский орфографический словарь отмечает, что в значении прилагательного нормативна форма газиро́ванный, а в значении причастия – газиро́ванный и гази́рованный. 

Можно заключить, что молодая норма постепенно вытесняет старую, однако для некоторых слов не все составители словарей готовы признать этот процесс уже завершившимся. 

Уточняем ответ на Ваш вопрос. К сожалению, полный академический справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" регламентирует написание кратких форм только для отглагольных прилагательных:

§ 101. Краткие формы (кроме формы мужского рода) прилагательных с качественным значением, совпадающих по форме со страдательными причастиями прошедшего времени глаголов совершенного вида, пишутся с нн, напр.: воспитанна, воспитанно, воспитанны (от прилагательного воспитанный 'обнаруживающий результаты хорошего воспитания'); избалованна, избалованно, избалованны (от прилагательного избалованный 'привыкший к исполнению своих прихотей'); возвышенна, возвышенно, возвышенны (от прилагательного возвышенный 'полный высокого содержания'). Такие прилагательные имеют формы сравнительной степени: воспитаннее, избалованнее, возвышеннее.

Отметим, что на отыменные прилагательные фактически распространяется то же правило (это не отражено в справочнике, что странно).

Это устойчивое сочетание, запятая не требуется.

Оборот с союзом как не обособляется, если как употребляется в значении в качестве.

Будто здесь частица, выражающая неуверенность, предположительность. Соответственно, запятые не нужны: Я будто предков наших слышу голоса.

Прилагательные с приставкой пре-, производные от прилагательных и обозначающие высокую степень проявления признака (престрашный, превкусный, предобрый, прегнусный, превредный и т. п.), не имеют кратких форм (или образуют их в исключительных случаях). Это правило распространяется и на прилагательные, в которых это значение выражено другими аффиксами: большущий, злющий, худющий, здоровенный, широченный; развеселый, распрекрасный, разудалый и т. п. Сюда же относятся прилагательные, производные от прилагательных в форме сравнительной степени: младший, старший, меньший (и просторечное меньшой), больший. Отсутствие кратких форм у прилагательных с таким значением объясняется тем, что признаки, которые они обозначают, не связываются с представлением о возможном их изменении во времени. А краткие прилагательные в современном языке (вне фразеологических оборотов) обозначают  признак как качественное состояние, которое может быть приурочено к определенному времени.

1. Корректны оба варианта. 2. Запятая после эксплуатируются не нужна. 3. Правильно: 9-этажный дом. 4. Правильно: 1-й, 123-й серии, 25-е. Подробнее см. в «Письмовнике».