В этом предложении подлежащее находится внутри деепричастного оборота. Деепричастные обороты, включающие в свой состав подлежащее (разумеется, не выделяемое внутри оборота запятыми), встречаются в стихотворных текстах у поэтов-классиков. Ср. другие примеры: Услышав граф её походку и проклиная свой ночлег и своенравную красотку, в постыдный обратился бег (А. С. Пушкин); Но рабскую верность Шибанов храня, свово отдаёт воеводе коня (А. К. Толстой).

Да, такая ситуация не редкость, когда гласные я, е, ё, ю, и находятся в положении после гласного или разделительного мягкого знака (буква и только во втором случае) на стыке морфем. Ср. морфемное членение следующих слов (без учета редукции безударных гласных): играют — игр-а-[й-ут], лисьи — лись-[й-и], гостья — гость-[й-а], свечение — свеч-ени[й-э], даёт — да-[й-от].

Допускаем, что в разговорной речи, не претендующей на терминологическую точность, такая фраза вполне может быть использована в высказывании, сообщающем о том, что кто-то (по оценке говорящего) достиг хорошего уровня в изучении иностранного языка.

При обратном порядке главных членов предложения (сказуемое предшествует подлежащим, связанным сочинительным союзом и) обычно употребляется форма единственного числа сказуемого. Форма множественного числа подчеркивает множественность предметов.

Вызывает сомнение фактическая точность фразы. На каких исследованиях основано данное утверждение?

Вопрос, строго говоря, предполагает ответ, подкрепленный статистическими выкладками. Едва ли в них есть необходимость. Скорее всего, это положительное выражение стоит «примерять» к конкретному высказыванию, оценивать его точность и уместность с учетом контекста и авторского замысла.

Фамилия Гмыря должна склоняться. К сожалению, случаи, когда человек настаивает на несклонении своей фамилии, даже если это противоречит нормам русской грамматики, не редкость. Но ведь фамилия тоже является словом, и слово это должно подчиняться законам языка (а не прихоти носителя фамилии). Что делать в Вашей ситуации? Возможно, спросить у выпускницы и родителей, хотят ли они, чтобы в аттестате (получение которого – важное событие в жизни человека) навсегда осталась грамматическая ошибка.

Корректно: И теперь, пожимаясь от холода, студент думал о том, что точно такой же ветер дул и при Рюрике, и при Иоанне Грозном, и при Петре и что при них была точно такая же лютая бедность, голод, такие же дырявые соломенные крыши, невежество, тоска, такая же пустыня, кругом мрак, чувство гнета — все эти ужасы были, есть и будут, и оттого, что пройдет еще тысяча лет, жизнь не станет лучше.