Сочетание и одновременно ведущее отличие от всех остальных может быть выделено запятыми как присоединительная конструкция, но и отсутствие запятых не будет ошибкой.

Возможны варианты: 1) И, что ещё хуже, мы упустили преступника; 2) И что ещё хуже — мы упустили преступника.

Запятая нужна, она ставится после главного предложения перед придаточным изъяснительным.

Запятая нужна: Освященный 22 апреля 1865 года, московский храм уже полтора века является неотъемлемой частью исторического облика города.

Причастный оборот имеет здесь не только определительное, но и обстоятельственное значение.

Запятая нужна.

Да, поясняющее приложение нужно отделить запятой или тире: У него был верный друг — щенок Шарик; У него был верный друг, щенок Шарик.

Да, это корректный вариант оформления предложения.

Причастный оборот нужно закрыть, запятая нужна.

Правильно: три пути. После числительных два, три, четыре, когда они стоят в форме именительного или винительного падежа, существительные употребляются в форме родительного падежа единственного числа. Сочетание трое путей ошибочно, так как собирательные числительные (двое, трое и т. д.) не употребляются с неодушевленными существительными, имеющими формы единственного числа. Подробнее см. в «Письмовнике».

Правила недостаточно четко регламентируют данную ситуацию. В параграфе 159 полного академического справочника под ред. В. В. Лопатина приведена такая формулировка: «...если перед закрывающей кавычкой стоит знак вопросительный, восклицательный или многоточие (и на этом предложение заканчивается), то те же знаки, необходимые по условиям всего предложения, не повторяются после закрывающей кавычки; неодинаковые знаки (перед кавычкой и после кавычки) ставятся». В правиле не оговорено, что точка не включается в число этих «неодинаковых знаков», хотя на практике, в том числе в оформлении примеров в параграфе 196 Правил 1956 года, эта точка не ставится. К тому же приводимые в школьных учебниках схемы оформления прямой речи не содержат точки после кавычек, если внутри кавычек есть вопросительный или восклицательный знак:

А: «П».
А: «П?»
А: «П!»
А: «П...»

Учитывая это, рекомендуем не ставить точку: В воздухе несся неумолчный крик, вырывавшийся из сотен глоток: «Вперед! На Бастилию!» Над морем голов вспыхивали, сверкая на солнце, стальные лезвия ножей, острия пик; «Почему со мной это произошло?..» Небо окрасилось в багровый цвет, а мужчина продолжал сидеть на песке и смотреть вдаль. «Так вот почему со мной это произошло!» Обратим внимание, что для изображения ситуации размышления вопросительный знак уместно сопроводить многоточием, а последнее предложение является восклицательным: оно начинается с сочетания частиц так вот. Если требуется отразить задумчивую интонацию, уместен вариант с многоточием: «Так вот почему со мной это произошло...»