Род существительного в этом случае не имеет значения. Современная норма устанавливает, что в сочетаниях одушевленных существительных с составными количественными числительными форма винительного падежа числительного должна совпадать с формой именительного: пригласить двадцать два друга, пригласить двадцать две подруги и т. п. (см.: Русская грамматика. Т. 1. М., 1980. § 1370).

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще ставится в форме именительного падежа множественного числа: две крупные группировки. Но и вариант две крупных группировки возможен, это не ошибка.

Запятая нужна: она ставится между частями сложного предложения. Обратите внимание, что местоимение ему указывает на ближайшее существительное мужского рода. В данном предложении это существительные конфликт и руководитель (а не служащий), в результате нарушается логика. Предложение следует перестроить.

В книжно-письменных стилях верно: Сам автор назвал книгу виртуальным музеем.  Можно использовать форму женского рода, если она является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Сама автор назвала книгу виртуальным музеем.

Если собирательное существительное не имеет при себе зависимых слов, необходимо формальное согласование рода и числа сказуемого: большинство верит (но ср.: большинство людей верит и большинство людей верят). См. в «Письмовнике»: Единственное и множественное число сказуемого.

Аббревиатура ОмГУПС в официальных текстах склоняться не должна, но в неофициальной, разговорной речи склонение возможно. 

Название Дорпрофжел склоняется как сложносокращенное слово, которое оканчивается на твердую согласную и по форме совпадает с существительным мужского рода с нулевым окончанием. 

В литературном языке названия республик женского рода, оканчивающиеся на -ия, -ея, согласуются со словом республика, т. е. склоняются. Литературная норма: столица Адыгеи, столица Республики Адыгеи. Однако в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже.

Слово пароли существует. Но это не форма множественного числа слова пароль, а несклоняемое существительное среднего рода, означающее двойную ставку в карточной игре. Именно эту словарную статью Вы и встретили. А форма мн. числа слова пароль – только пароли.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три контрольные лампы. Но и вариант три контрольных лампы возможен, это не ошибка.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три большие кровати. Но и вариант три больших кровати возможен, это не ошибка.