Правильно: зав. терапевтическим отделением.

Первая фраза неоднозначна, во второй неправильная пунктуация. Третья фраза пунктуационно корректна и однозначна (Теплов — представитель заказчика). 

Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

1. Запятые нужны, так как части после союза и представляют собой неполные предложения: Ваш успех можно объяснить только удачей, и больше ничем [нельзя объяснить]; Я не умру, пока не посажу тебя, и тебя тоже [посажу] (слово тоже, употребленное в качестве конкретизатора союза и, придает последней части присоединительный, факультативный характер).

2. Между инициалами действительно необходим пробел.

Грамматически и орфографически оправданны написания я-концепция, я-образ. Ср., например, с написанием интернет-портал, веб-сайт, эго-психология. Все это слова с неизменяемыми приложениями; слово "я" в рассматриваемых нами словах тоже выступает как неизменяемое приложение, оно не склоняется. Тот факт, что слово "я" состоит из одной только буквы, не делает правомерным написание с буквы прописной (большой).

Вы правы, здесь пишется частица не. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает на необходимость различения в придаточных предложениях сочетания кто бы ни, где бы ни и т. п., в составе которых имеется частица ни, примыкающая к относительному слову, и сочетания кто бы не, где бы не и т. п., в составе которых имеется частица не, относящаяся к сказуемому. Здесь отрицание относится к сказуемому (нет такого клочка суши, где бы не были обнаружены...). Ср.: Где бы я ни был, ты помни о друге...