Врожденная грамотность - миф, однако разные языковые (как математические и иные) способности людей - реальность. Точно так же реально обратное - дислексия и дисграфия.
Слово точно не является вводным и не требует выделения запятыми.
Уточняем ответ на Ваш вопрос. К сожалению, полный академический справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" регламентирует написание кратких форм только для отглагольных прилагательных:
§ 101. Краткие формы (кроме формы мужского рода) прилагательных с качественным значением, совпадающих по форме со страдательными причастиями прошедшего времени глаголов совершенного вида, пишутся с нн, напр.: воспитанна, воспитанно, воспитанны (от прилагательного воспитанный 'обнаруживающий результаты хорошего воспитания'); избалованна, избалованно, избалованны (от прилагательного избалованный 'привыкший к исполнению своих прихотей'); возвышенна, возвышенно, возвышенны (от прилагательного возвышенный 'полный высокого содержания'). Такие прилагательные имеют формы сравнительной степени: воспитаннее, избалованнее, возвышеннее.
Отметим, что на отыменные прилагательные фактически распространяется то же правило (это не отражено в справочнике, что странно).
Для того чтобы точно ответить на вопрос о пунктуации в Ваших примерах, требуется более широкий контекст. Общее правило следующее. При встрече вводного слова и союза запятая после союза ставится, если вводное слово (кроме того) можно опустить или переставить в другое место предложения без нарушения его структуры. Если же изъятие вводного слова невозможно (то есть союз включается во вводную конструкцию, образуя с ней единое сочетание), то запятая после союза не ставится (обычно это бывает при союзе а).
Точно объяснить разницу вне контекста сложно, окончательный выбор делает автор текста.
Но, например, такая ситуация. Человеку сначала говорили, что незнакомая девушка красивая, а потом кто-то однажды заметил: "Она скорее привлекательная, а не красивая". И тогда человек переспросит: "Она действительно не красивая?" Здесь отрицается красота, частица не пишется отдельно.
А если человек в магазине выбрал супницу в подарок, и его друг говорит: "Эта супница некрасивая, просто уродливая, лучше ее не покупать и никогда никому не дарить". И тогда человек повернется к стоящей рядом женщине, которая точно разбирается в посуде, и спросит: "Она действительно некрасивая и уродливая?" Здесь утверждается отрицательный признак, прилагательное с не можно заменить синонимом без не, поэтому верно слитное написание.
В целом слитное написание используется чаще.
Такой подход возможен и даже оправдан в ряде случаев, однако ограничения, связанные с его использованием, вызваны неопределяемостью термина "однозначное окончание". Можно, пожалуй, так сформулировать "работающее" правило: если точно знаешь одно личное окончание, то знаешь и остальные (зная спряжение).
Эти прилагательные образованы от разных существительных:
МЕТОДИКА, -и; ж. [от греч. methodikē - правила речи] чего. 1.Совокупность методов, приёмов практического выполнения чего-л. М. научного исследования. М. сварки труб большого диаметра. 2.Раздел педагогики, рассматривающий методы преподавания учебных предметов, воспитания кого-л. М. преподавания истории.М. дошкольного воспитания. <Методический (см.).
МЕТОДОЛОГИЯ, -и; ж. [от греч. méthodos - метод и lógos - учение] чего и с опр. Методы, приёмы, используемые при познании чего-л. и объединённые общей целью, задачей и т.п. М. описания истории. Материалистическая м. <Методологический, -ая, -ое. М-ие приёмы. М-ая позиция. Методологически, нареч. М. точно отразить явление.
Вы правы. Верное написание: микро- и макроэлементы.
Верно: Вам точно известно, каким образом был украден кофе?
В устной разговорной речи допустим вариант, когда кофе используется как существительное среднего рода: ...каким образом было украдено кофе?
Следует склонять.
