Очевидно, составители академического орфографического словаря приняли решение о дефисном написании существительного скан-копия потому, что сочли часть скан не сокращением слова сканированный (ср., например: кофемашина (= кофейная/кофеварочная машина), а аналитическим (несклоняемым) прилагательным. Ср. дефисные написания слов типа онлайн-сервис, коктейль-бар и т. п. 

Такое решение (заметим, что слово скан-копия было включено в словарь лишь в 2022 году) может быть со временем пересмотрено орфографистами (особенно при наличии слитно пишущегося слова ротакопия "ротапринтная копия печатного издания"). 

Правильно: Республика Корея.

В слове трущоба суффикс не выделяется, хотя этимологический анализ показывает, что когда-то это слово было образовано с помощью суффикса -об- от не сохранившегося в современном языке слова труща ‘хворост, треск’ и обозначало ‘лес, заваленный хворостом, буреломом’. В современном языке прежние словообразовательные связи утрачены, трущоб- превратилось в единый корень.

Слово чащоба образовано от прилагательного с помощью суффикса –об-: част-ый → чащ-об-а (с чередованием в основах ст // щ); ср.: жадн-ый → жад-об-а (с усечением производящей основы). По этой непродуктивной словообразовательной модели от именований признаков (прилагательных) образуются существительные с общим значением ‘носитель признака’.

Слово щепотка исторически связано с щипать, эти слова описываются сейчас орфографистами как имеющие корень с чередованием. Щепотка при таком описании оказывается исключением, написание следует запомнить. 

См. подробнее:

Русское правописание с комментариями. В 4 книгах. Кн. 1. Употребление гласных и согласных букв в русском письме / Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова, Е. В. Арутюнова ; [рецензенты д-р филол. наук Н. Д. Голев, д-р филол. наук Н. Б. Кошкарёва]. – Москва : Издательский центр «Азбуковник», 2023. – 284 с. – ISBN 978-5-91172-241-8. – Электрон. копия печ. публ. доступна на сайте «Академос». С. 164—168.

Да, в языке есть много устойчивых слов, выражений, названий, неправильных с точки зрения науки, политики, дипломатии... Традиция в языке часто оказывается сильнее терминологической точности. То же касается и названий государств: в обиходной устной и письменной речи мы по-прежнему употребляем названия Южная Корея (хотя в официальных документах будет только Республика Корея), Белоруссия (хотя официальное название Республика Беларусь), Молдавия (хотя официально: Республика Молдова) и т. д.