Правильным является вариант «не согласен со взысканием».
Выбор предлога зависит от контекста. Со дня употребляется в значении начальной точки отсчета времени: со дня свадьбы прошло два месяца, также в устойчивом сочетании со дня на день (в значении 'скоро'). Но ср.: выложены фото с дня рождения (нет устойчивого сочетания, нет значения точки отсчета времени).
Если точный день образования отдела известен, то можно написать и "со дня образования". В ином случае: поздравляем с 75-летием отдела.
Корректны все приведенные Вами варианты.
Возможно как слитное, так и раздельное написание. При слитном написании утверждается неизвестность, при раздельном – подчеркивается отрицание (отрицается известность).
Вы правы, запятые здесь не нужны. Разобраться с этими и другими трудными случаями Вам поможет наш «Справочник по пунктуации».
