«Штука с завитушками» тоже называется подписью. В «Большом академическом словаре русского языка» (Т. 18. М., СПб., 2011) слову подпись дано более подробное толкование: собственноручно написанная фамилия под чем-либо (текстом, рисунком и т. п.) в подтверждение своего авторства или согласия с чем-либо; какой-либо псевдоним, знак, которым подписывают что-либо. Среди иллюстраций к толкованию есть такое предложение: Подпись, как говорят криминалисты, содержит в себе мало графического материала. Иногда это несколько закорючек, росчерков, мало напоминающих буквы (Р. Белкин).

В словарях зафиксирован фразеологический оборот пахать как папа Карло. Встреченное Вами выражение пахать как карла  в доступных нам источниках не указано. Теоретически возможно, что такой оборот существует и слово карла в нем не имеет отношения к папе Карло, а означает 'карлик' (карла – устар. карлик), поскольку в некоторых словарях приведен оборот вкалывать как карлик у водокачки, тоже означающий 'много работать, не давая себе отдыха'. Но все же более распространено выражение пахать как папа Карло.

Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

В названиях улиц, площадей, переулков, проспектов и пр. с большой буквы пишутся все слова, кроме родовых терминов (т. е. самих слов улица, площадь, проспект и т. п.), служебных слов, а также слов года, лет. Поэтому слово североморцев тоже надо писать с большой буквы. Корректно написание через дефис (приложение присоединяется дефисом): проспект Героев-Североморцев. Ср.: улица Героев-Панфиловцев (в Москве; такое написание зафиксировано орфографическим словарем В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?»).

Названия этих книг Ветхого Завета пишутся с прописной буквы без кавычек: Бытие, Исход, Левит, Числа, Второзаконие. Что касается использования этих названий со словом книга, то здесь на практике довольно большой разнобой, общеупотребительных правил нет. Как правило, слово Книга в этом случае тоже пишется с прописной, кавычки не используются: в Книге Бытия, в Книге Чисел. 

Правила написания названий других книг Священного Писания и богослужебных книг можно найти в справочнике «Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий».

В приведенном предложении тире предпочительно, поскольку в нем две придаточные части, расположенные перед главной (см. пункт 3 параграфа 124 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), однако запятая тоже возможна — по общему правилу постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении (Как удалось применить результаты обучения и какие советы сработали на практике, Виктория рассказывает в статье). Ошибочной будет только постановка сразу двух знаков — и запятой, и тире.

С приведенным тезисом, как и аргументами в его пользу, трудно согласиться в полной мере. Во-первых, слово копна тоже содержит общеславянский корень, обнаруживающий параллели в балтийских языках. Во-вторых, этимология далеко не всегда может быть основанием для выбора слова при переводе. Имеют значение семантические и стилистические характеристики слова и его ассоциативный ореол, обусловленный особенностями употребления. В случае со словом копна, возможно, важно то, что в современном языке оно употребляется преимущественно в переносном значении в сочетании копна волос.

1. Обособление не требуется, нет оснований для постановки знаков.

2. Также не обособляется. Так обособляется как вводное слово.

3. Нет.

4. Нет.

Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.