Тире отделяет пояснительную конструкцию при слове так, обязательно требующем раскрытия (пояснения) значения, сравним примеры из параграфа 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Он всеми силами души всегда желал одного – быть вполне хорошим (Л. Т.); Цель, поставленная перед отрядом, была одна – до рассвета дойти до леса; Байкал славен и свят другим – своей чудесной, животворной силой (Расп.). 

В подобных контекстах сочетание начиная с играет роль предлога, оборот с ним не требует обособления (см. параграф 73 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Следует заметить, что начиная с войны во Вьетнаме на них стремились возложить выполнение разведывательных задач по уничтожению объектов противника. Оборот может быть обособлен «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 того же справочника).

Запятая не нужна. Обороты с предлогом начиная с (чего-либо) не выделяются запятыми, если предлог в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово «начиная» обычно можно опустить).

В данном контексте предпочтителен второй вариант. Предлог лучше поставить после слов более чем: более чем по 200 (двумстам) древним трактатам.

Пунктуация корректна. С тех пор как – составной подчинительный союз. Запятая ставится либо перед союзом, либо между его частями (перед словом как). В обоих предложениях возможны варианты.

В точности такая ситуация в справочниках по русской пунктуации, имеющихся сегодня в нашем распоряжении, не описана. Вообще, в них представлены далеко не все ситуации, которые могут быть переданы в письменной речи. Впрочем, термин парцелляция в них используется. Так, в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) о парцелляции идёт речь в разделе «Знаки препинания при уточняющих, пояснительных и присоединительных членах предложения», в параграфе 86. 

1. В этом случае тире действительно не нужно: между подлежащим и сказуемым-существительным стоит наречие всегда и дополнение для меня.

2. В этом предложении тире может быть поставлено или не поставлено в зависимости от интонации: если в таких однотипно построенных частях акцентируется и подлежащее, и сказуемое, то тире нужно; если акцентируется только сказуемое — не нужно. См. пункт 4 параграфа 16 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). 

В разных традициях слова надо и нужно (в значении надо) принято относить к наречиям, выступающим в роли сказуемого, словам категории состояния и предикативам. Грамматика русского языка под ред. Шведовой (1980) пишет: «Предикативы — это слова с модальными значениями долженствования, необходимости, возможности. Это самостоятельные слова, не соотносительные с качественными наречиями и краткими прилагательными; например, должно, можно, надо, нельзя, нужно, устар. надобно». Слово нужно может быть и краткой формой прилагательного нужный (Это пальто мне нужно).

Обстоятельство по своей горячности может быть обособлено для попутного пояснения или смыслового выделения — см. параграф 74 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Что касается второго предложения, то возможны варианты:
1. Он старался каким-нибудь образом, конечно же незаметно, дать знать Иешуа...
2. Он старался каким-нибудь образом — конечно же, незаметно — дать знать Иешуа...
3. Он старался каким-нибудь образом (конечно же, незаметно) дать знать Иешуа...

Такое сочетание возможно.