Возможно (при необходимости) выделение скобками.

В обоих случаях корректно слитное написание.

Крайние пальцы стопы (I и V) называются так же, как аналогичные пальцы рук — большой и мизинец, а остальные три называют номерами II, III, IV, начиная счёт с большого пальца.

По правилам наречие «препятствует» постановке тире. В справочнике под ред. В. В. Лопатина указывается, что не ставится тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит обстоятельство. Наречия в предложении часто являются именно обстоятельствами.

Чтобы ответить на Ваш второй вопрос нужно проводить исследование — нужно понять, какие именно обстоятельства и дополнения встречаются в предложениях данной структуры, в каких случаях тире оправданно, в каких нет. Это требует времени. Пока мы можем ориентироваться только на примеры из справочников: Мой отец для меня друг и наставник; Степан нам сосед.

Ни в коем случае. Это пример так называемой наивной этимологии (примерно так же строит свои «филологические» изыскания господин Задорнов). Конечно же, имя римской богини Весты не имеет к происхождению существительного невеста никакого отношения, хотя это слово и является спорным в этимологическом отношении. Наиболее предпочтительным представляется такое объяснение: слово невеста образовано с помощью приставки не- от той же древней праславянской основы, что и слова весть, ведать, т. е. невеста  буквально 'незнакомая, неизвестная'. Это связано с представлениями о бракосочетании, о невинности, непорочности невесты.

Дело в том, что «Краткий справочник по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» фиксирует именно те написания, которые приняты в современной официальной документации. В своих ответах мы нередко подчеркиваем, что некоторые рекомендации этого справочника противоречат орфографическим и пунктуационным нормам. Но игнорировать это издание и рекомендовать, например, написания Государственная дума или Военно-морской флот РФ (верные с лингвистической точки зрения), прекрасно зная, что они не соответствуют нормам официальной речи, мы не можем, это будет не совсем честно по отношению к нашим читателям.

По общему правилу вводные слова не отделяются от союзов, стоящих в начале предложения, однако в параграфе 25.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя отмечается, что иногда, например при интонационном выделении вводного сочетания, запятая ставится: Но, к великой моей досаде, Швабрин… решительно объявил, что песня моя нехороша (П.). В Вашем случае постановка запятой уместна, потому что сочинительный союз или не образует единства с вводным сочетанием по крайней мере (сравним цельные единицы типа и действительно, но так или иначе и т. п.).

Форма творительного падежа этих названий существует, но не вызывает вопросов по написанию и произношению, поэтому не указана в словарях.

Верно: Кемью, Томью, Пермью.

Места, где сгибаются пальцы, называют суставами, костные части называют фалангами.

Правильнее будет считать родовым словом только первое (храм, поселок, набережная, улица и т. д.), а второе слово, которое пишется со строчной буквы, следует считать частью собственного наименования (не путать с именем собственным!).

Форма извиняюсь - разговорно-просторечная. Вот как писал о слове извиняюсь известный русский лингвист А. Селищев: «Со времени войны (1914 г.) в России вошел в широкое употребление словеcный знак вежливости-извинения "извиняюсь" (извиняюс). По основе и по форме это образование употреблялось и раньше. "Опять тысячу раз извиняюсь, что сбиваюсь с прямой дороги в сторону" - писал Гончаров. "Извиняюсь, что не ответил никому до сих пор" - в "Дневнике писателя" Достоевского. Отличие от теперешнего извиняюсь заключалось в том, что извиняюсь в речи Гончарова, Достоевского и других находилось в сочетании с другими словами в предложении и имело обычное реальное значение, - значение выражения извинения, искреннего, иногда глубокого раскаяния, что подчеркивалось словами "1000 раз" и т. п. Посредством этой формы извиняется и взволнованный чеховский дядя Ваня. "Ну, ну, моя радость, простите... Извиняюсь (целует руку)". Совсем не по своему реальному и формальному значению теперешнее извиняюсь: оно употребляется отрывочно, вне сочетания с другими словами, служит формальным словесным знаком, произносимым при определенных обстоятельствах, - знаком, мало соответствующим этим обстоятельствам: полного значения просьбы здесь не выражается» (А. Селищев. Язык революционной эпохи. 1928). Написано давно, а актуально до сих пор.
В современных толковых словарях форма извиняюсь также дана с пометой разг. (разговорное).
Правильно извини, извините, слово извиняюсь полного значения просьбы не выражает. Извиняюсь – это как «товарищ коллежский асессор».

На этот вопрос в справочной литературе можно найти противоположные ответы. В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано, что названия рек согласуются с родовым наименованием, и приведен пример между реками Обью и Енисеем. В то же время другие пособия указывают, что с географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: у реки Волги, но на реке Енисей.

На практике встречается как склонение, так и несклонение названий рек в подобных конструкциях, ср.: 

• Пространство между реками Доном и Непрядвой называлось Куликовым полем. С. Голицын. Сказания о земле Московской (1968-1988)
• Трудно было пробираться речными путями на Пясину, поэтому решили установить морскую связь между реками Енисей и Пясина. М. Белов. Мангазея (1969) 
• Пять тысяч лет назад такими «умными соседями» оказались жители двух речных долин — на Ниле (Египет) и между реками Тигр и Евфрат (Месопотамия). А. Алексеев. Из жизни древнего Египта // «Наука и жизнь», 2007

• Между реками Енисеем и Хатангой (в так называемом Енисей-Хатангском региональном прогибе) открыты газовые залежи, и специалисты прогнозируют наличие здесь нефти. Е. Сидорова. Притяжение Арктики // «Наука в России», 2012.

Таким образом, допустимы варианты, и окончательное решение в подобной ситуации — за автором (редактором) текста. Ошибки в любом случае не будет.