Собственно, вий и кий - исключения не нашего авторства (об этом см. в Полном академическом справочнике "Правила русской орфографии и пунктуации"). См.: http://orthographia.ru/orfografia.php?sid=38#pp38 В остальном написание соответствует рекомендациям Розенталя (методика объяснения - да, отличается).

В годы советской власти сочетание Совет Министров  было официальным названием высшего исполнительного и распорядительного органа государственной власти – и в СССР, и в РСФСР. Этим и объясняется написание обоих слов с прописной буквы. Поскольку действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были приняты в 1956 году, неудивительно, что в них тоже отмечено написание Совет Министров. Такого написания следует придерживаться, если речь идет о советской эпохе.

Правильно написание Совет Министров и в том случае, если имеется в виду официальное название высшего органа исполнительной власти какого-либо государства, например: Совет Министров Республики Беларусь.

Однако как неофициальное название высшего государственного органа (как синоним слова правительство) правильно написание Совет министров. Невозможно написание слова министров  с прописной, если речь идет о российском правительстве, поскольку в нашей стране официальное название высшего органа исполнительной власти – Правительство Российской Федерации.

Знаки препинания в примерах расставлены верно.

Корректно: В соответствии с частью 1 статьи 6 Федерального закона от 07.12.2011 № 416-ФЗ "О водоснабжении и водоотведении" организация водоснабжения населения (в том числе принятие мер по организации водоснабжения населения и/или водоотведения в случае невозможности исполнения организациями, осуществляющими горячее водоснабжение, холодное водоснабжение и/или водоотведение, своих обязательств) относится к полномочиям органов местного самоуправления.

Увы, в базовых справочниках нет правила об употреблении висячего дефиса перед второй частью слова, в случае если общей частью является первый компонент сложения. Однако лингвисты обратили внимание на эту лакуну. Так, со ссылкой на статью Б. З. Букчиной «Висячий дефис» (Современная русская пунктуация. М., 1979) Д. Э. Розенталь в «Справочнике по русскому языку: орфография и пунктуация» приводит следующие примеры: «...инженер-механик, -металлург, -электрик (общий компонент — первая часть сложения, дефис пишется перед второй частью)». Н. А. Николина в статье «Висячий дефис и его употребление в современной речи» (Русский язык в школе. 2015. № 11) отмечает: «Традиционно считается, что в конструкциях с висячим дефисом сокращению подвергается первый компонент сочетания. Однако в современной речи сокращаемый элемент может занимать и препозицию по отношению к слову с общей частью. Дефис при этом служит сигналом ее пропуска и значимого отсутствия». Например: телораздирающее и -ломающее соло Татьяны (И. Губская).

Можно заключить, что базовые справочники нуждаются в дополнении. Однако употребление висячего дефиса перед второй частью вполне корректно.

Запятая перед союзом и нужна, она закрывает последний элемент адреса (каждый из таких элементов является уточняющим обстоятельством по отношению к предыдущему).

Добавим, что для двоеточия после сочетания по адресу нет грамматических оснований — см. об этом ответ на вопрос № 327721. После второго по адресу оно могло бы быть поставлено, но рекомендуем не ставить его для единообразия оформления: ...в картотеку внесена информация о постоянной регистрации ребенка в городе Москве по адресу улица Новолесная, дом 8, квартира ХХ (часть данных зашифрована), и сведения о фактическом проживании в городе Москве по адресу улица Побратимов, дом 32, квартира ХХХ.

1. Обособление не требуется. Правильно: по независящим от Исполнителя причинам (здесь требуется слитное написание).

2. Обороты с предлогом исходя из обычно выделяются запятыми. Запятые не требуются, если оборот с предлогом исходя из тесно связан по смыслу с относящимися к нему предшествующими словами. Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.