Латиница сама по себе является эффективным средством выделения, поэтому кавычки в этом случае не требуются. 

Смысловые особенности конструкции включая, но не ограничиваясь исчерпывающе обсуждаются в ответах нашей справочной службы. Если в конструкции имеется компонент не ограничиваясь, то ее толкование однозначно (перечень не закрыт, допустимо включение в него других элементов). Если в конструкции этот компонент отсутствует и имеется только включая, то вести речь о том, что еще и идея ограниченности выражена, не следует. Такой смысловой признак должен быть обозначен дополнительно, соответствующими лексемами. 

На наш взгляд, затруднения в использовании союзного оборота в том числе имеют логико-понятийную природу. Добавление но не ограничиваясь излишне (за исключением случаев, когда воспроизводится чья-либо речь или воплощается некий авторский замысел).

В приведённом вами предложении запятая после "новых функций" не требуется. Но Вы совершенно правы: предложение следует перестроить, иначе смысл его не вполне ясен. 

Да, если глаголол ложи́ться  употреблен в следующем значении:

ЛОЖИ́ТЬСЯ, несов. (сов. лечь). Располагаться (расположиться) где-л., приняв горизонтальное положение (о людях и некоторых животных) [impf. to lie down; to go to bed]. В девять вечера Сонечка всегда ложилась спать, хотя заснуть долго не могла, и мама читала ей сказки. На осмотре врача больной лег на спину.

Большой толковый словарь русских глаголов

СИМПАТИЗИРОВАТЬ, несов., кому. Относиться к кому-л. хорошо, с симпатией, испытывая влечение, внутреннее расположение; син. благоволить [impf. to sympathize (with), be in sympathy (with)]. Эти люди, которых Аня теперь защищала, которым симпатизировала, были действительно прекрасные люди.

Этот смысл можно выразить, в зависимости от стиля текста, формами глаголом ограничить(ся) (например: В будущем ассортимент биотехнологической промышленности не будет ограничен лекарствами и пищевыми добавками) или ограничительными частицами только, лишь, всего лишь, исключительно, единственно, и всё (например: Здесь лекарства и биодобавки — и всё). 

Нет, нормативное управление этого глагола — кланяться кому или без дополнения.

См., например: 

Большой толковый словарь русских глаголов

КЛАНЯТЬСЯ, несов. (сов. поклониться), кому и без доп. Проявлять (проявить) приветливое, дружеское отношение к кому-л., приветствуя при встрече наклоном головы, снятием шляпы [impf. (in this sense) to bow (to, before); to greet]. Директор любил поклоны, я же не любил и не умел кланяться, и кончилось тем, что я должен был оставить службу. Егор Иванович, увидев бабушку, поклонился ей и почувствовал себя виноватым, что так редко приезжал домой.

Частичные синонимы: одним махом (семерых убивахом); за один присест; и рыбку съесть, и в воду не лезть; и рыбку съесть, и косточкой не подавиться; и на елку влезть, и ж..пу не ободрать; усидеть на двух стульях. Существует и англоязычный аналог этой поговорки: to kill two birds with one stone. 

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.