С исторической точки зрения в греческом по происхождению слове протагонист можно выделить часть прот- (греч. πρῶτος «первый») и часть агон(ист) (греч. ἀγωνίζομαι «состязаюсь», ἀγωνιστής «борец») — этот же корень можно увидеть в словах агония, агон (состязание). 

Спасибо Вам за внимательность! Непременно исправим ошибку. 

Да, существительное мюли действительно стало склоняемым — по аналогии с другими названиями обуви: туфли, тапки, сандалии и т. п. 

В «Толковом словаре иноязычных слов» Л. П. Крысина в этимологической справке к слову гемоглобин приводится этимон языка-посредника — французского: hémoglobine, а к слову гемолиз —   немецкого: Hämolyse. Этим объясняется их фонетико-орфографическое преобразование в русском языке. При этом первоисточник у всех этих слов, разумеется, один и тот же: греч. αἷμα, род. падеж αἵματος – кровь.

Такие термины следует также писать через дефис: ИФН-альфа, интерферон-альфа-2b, ИФН-альфа-2b, интерферон-α-2b, ИФН-α-2b. 

Такое слово существует и даже фиксируется некоторыми словарями (например, «Толково-словообразовательным словарем» Т. Ф. Ефремовой). Но всё же общеупотребительным его назвать трудно. Чаще говорят и пишут наложить вето.

Дело не в словообразовании, а в графике. Все слова такого рода являются заимствованиями, и при "переводе" их на кириллическое написание используется принцип транслитирации, то есть побуквенной передачи слов одной графической системы средствами другой системы. Ср.: паранойя — греч. παράνοια; маракуйя — тупи mara kuya и т. п. Да, написание таких слов нарушает слоговой принцип графики, согласно которому гласные и согласные буквы пишутся и читаются с учетом соседних букв. Иначе говоря, в основе этого принципа лежит графический слог как единица чтения и письма: поэтому, например, мы пишем сарая (Р. п. ед. ч.), хотя в этом слове корень сарай (совпадающий с формой Им. п. ед. ч. существительного) и окончание -а. 

Написания типа паранойя, фойе, йогурт нарушают слоговой принцип графики, однако позволяют подчеркнуть иноязычную природу подобных слов. 

Спасибо Вам за внимательность! Это одушевленное существительное: вижу неваляшек. Информацию в метасловаре мы поправим.