Значение обстоятельства образа действия приобретают обычно одиночные деепричастия на -а, -я, примыкающие к глаголу. Деепричастие с зависимыми словами, не примыкающее непосредственно к глаголу, как правило, сохраняет глагольное значение и обособляется: ...томно протянула она, играя голосом. (См. «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина, § 71–72.)
Слово атом появилось в русском языке в начале XVIII века и произносилось двояко: а́том и ато́м. Прилагательное атомный фиксируется в начале XX века, оно было характерно для научной речи и имело ударение именно на втором слоге: ато́мный. Современное произношение прилагательного с ударением на первом слоге утверждается в общеупотребительном языке во второй половине XX века. Современная норма характеризует произношение ато́мный как устаревшее и профессиональное. Уместность такого употребления в профессиональной среде определяет сам говорящий, исходя из конкретной речевой ситуации.
Формы множественного числа от слова человек — люди, людей и т. д. Однако в сочетании с количественными числительными используются формы: (двух) человек, (двум) человекам, (двумя) человеками, (о двух) человеках. Эта норма зафиксирована, например, в академической «Русской грамматике» (М., 1980. Т. 1. § 1214), в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, в «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина, в «Словаре трудностей русского языка» Н. А. Еськовой (М., 2014. С. 441) и др. Форма именительного множественного человеки в современном языке возможна только в шутливом употреблении. В упомянутой выше «Русской грамматике», кроме того, сказано: «При наличии определения в сочетаниях с числ. пять, шесть (и далее) во всех падежах и с числ. два, три, четыре в косв. пад. может употребляться слово люди: пять незнакомых человек и пять незнакомых людей, не было и трех взрослых человек и не было и трех взрослых людей».
Нормой устанавливается ударение на последнем слоге: жожоба́. Звуковая форма этого слова, а именно передача j в слове jojoba русским звуком [ж], а не [х], свидетельствует о том, что слово заимствовано не из испанского, а из французского языка, что и обусловливает место ударения.
Считают хорошим работником. Это составное именное сказуемое с семантически цельным словосочетанием в именном компоненте (сообщать о том, что кого-то считают просто работником, нелепо).
Верен второй вариант разбора. Но только в том случае, когда исходным вариантом предложения (с нейтральным порядком слов и нейтральной интонацией) является Радость была большая. Если же в левом контексте говорится о каком-то положительно оцениваемом событии и подразумевается, что именно это событие и было большой радостью (К нам на каникулы приезжал брат. [Это] большая была радость!), то верен третий вариант разбора.
Вы рассуждаете верно: подлежащее — суть, а в том — составное именное сказуемое (связка нулевая).
Прямая речь в предложении есть, но она играет роль приложения при существительном команда, поэтому двоеточие перед ней не ставится: Прозвучала команда «Кругом!» — и все повернулись. Правило о том, с какой буквы должна начинаться прямая речь, если она включается в текст как член предложения, в справочниках не сформулировано. Примеры приводятся разные, в частности: Это «не хочу» поразило Антона Прокофьевича; Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана; С криком «Спасайте детей!» юноша бросился в горящее здание (примечание к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Вопрос остается, видимо, на усмотрение автора текста.
Примеры с сайта ФИПИ и в самом деле содержат ошибки. Но заключаются они не просто в дистантном расположении причастного оборота (обособленного определения), а в таком расположении, когда это определение следует после всей грамматической основы предложения, в которой подлежащее предшествует сказуемому. В примерах же из Воробьева и Булгакова обособленные определения предшествуют грамматической основе. Если обособленное определение подчинено подлежащему, оно может предшествовать ему и находиться где угодно до этого подлежащего. Если же оно подчинено подлежащему, но находится после него, то между подлежащим и этим определением могут находиться только такие другие члены предложения, которые тоже подчинены подлежащему. Начало состава сказуемого — Рубикон, пересекать который постпозитивному определению (к подлежащему) запрещено. В предложениях с сайта ФИПИ имеются подлежащие (Нефтяные) загрязнения и Экология, остальное же (являются угрозой всему живому в Мировом океане и является одной из молодых наук) — состав сказуемого. Ошибка и заключается в том, что в обоих случаях определение к подлежащему, находящемуся в начале предложения, помещено после состава сказуемого: при этом, как очевидно, возникает впечатление рассогласования, так как при восприятии предложения мы ищем «хозяина» определения в ближайшем слева существительном, а оно ни «хозяином» не является, ни соответствующей падежной формы не имеет.
Так что формулировка «дистантное расположение обособленного определения» ущербна, она далеко не полно отражает суть дела.
Эти слова не относят к существительным общего рода по ряду причин. Одна из главных состоит в том, что, в отличие от слов типа неряха, эти слова допускают согласование по женскому роду только в форме именительного падежа: сочетания типа *у этой врача, *к этой врачу невозможны.