Верно: тон, которым...
Верно слитное написание, однако предложение построено небезупречно, его лучше переформулировать.
Аббревиатура ФОТ (фонд оплаты труда) не склоняется.
Если название указывается с родовым словом (акционерное общество "Национальный негосударственный пенсионный фонд"), то ориентироваться следует на родовое слово общество, например: акционерное общество "Национальный негосударственный пенсионный фонд" заработало за 2015 год...
Возможная форма им. п. мн. ч. - фоны.
Да, здесь правильно слитное написание.
Заимствованные фамилии на -ов, -ин, которые принадлежат иностранцам, в форме тв. падежа имеют окончание -ом (как существительные второго школьного склонения, например стол, столом), поэтому правильно: познакомился с Рудольфом Вирховом, увлекся писателем Арчибалдом Джозефом Кронином. Подробнее см. в «Письмовнике».