Лингвистические словари фиксируют написание Вооруженные силы РФ, однако в официальных документах принято написание с прописной буквы всех слов в этом сочетании. Вариант Вооруженные Силы Российской Федерации зафиксирован, например, в «Кратком справочнике по оформлению актов Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации» (этот справочник рекомендуется как нормативный источник для оформления официальной документации).
Правильно: в Следкоме РФ.
Верно: ...требовать для него жесткого приговора.
Верно со строчной буквы: заслуженный учитель РФ.
Нужно писать строчными буквами: протест прокуратуры. Юридический термин: протест прокурора.
Как правило, если обе части составного существительного склоняются, то род всего сложносоставного существительного определяется по роду первого слова.
Верно: По словам главнокомандующего Воздушно-космическими силами РФ.