Корректно: филиал "Завода", филиала "Завода", филиалу "Завода". 

Вариант написания может зависеть от внутренних инструкций предприятия.

Обычно лексикографы включают новые слова в словари, когда они становятся широко известными (а следовательно, выходят за рамки профессиональной сферы) и используются в различных контекстах. Что касается источника новейших орфографических сведений, то наша рекомендиция хорошо известна: это ресурс «АКАДЕМОС». Новые толковые словари издаются Институтом русского языка имени В. В. Виноградова РАН и Институтом лингвистических исследований РАН. Слово комплаенс является неологизмом, заимствованным из английского языка (от compliance). Один из известных нам ранних примеров, подтверждающих его появление в русском языке, датирован 1999 годом. Слово пока остается узкопрофессиональным термином, значение которого определим таким образом: система управления или контроля, в ведении которой находится соответствие деятельности предприятия или сотрудника законодательству, каким-либо нормативным стандартам. Отметим, что неологизм часто появляется в составе сложных слов, ср.: комплаенс-контроль, комплаенс-специалист, комплаенс-программа, комплаенс-модель.

В этом случае сочетание по отзывам руководства предприятия является вводной конструкцией, заключающей в себе указание на источник сообщения, так что запятая нужна.

Корректно: Прошу разрешить проход посетителей на территорию предприятия согласно списку. 

Русские и хорошо освоенные иноязычные названия городов в сочетании со словом город и сокращением г. склоняются: в Слюдянке, в городе Слюдянке, в г. Слюдянке, предприятия г. Слюдянки.

Заметим, что к сочетаниям со словом город не относится общая рекомендация не склонять название в тех случаях, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Корректно: ...от коллектива предприятия и от меня лично примите поздравления с переизбранием на пост...

В данном случае слово и употреблено в роли частицы, оно служит для выделения, подчёркивания сочетания весь коллектив. На пунктуацию это не влияет, знаки препинания Вы расставили правильно.

Да, это неоднородные приложения, поэтому, например, в перечне участников мероприятия будет правилен вариант без знаков препинания: председатель конкурсной комиссии старший технолог цеха Сергей Сергеев; куратор этапа ведущий инженер предприятия Алексей Смирнов. Однако в предложении, в связном тексте одни приложения могут пояснять другие, и в этом случае будет уместно тире перед пояснительной конструкцией: …заверил председатель конкурсной комиссии — старший технолог цеха Сергей Сергеев; …следил куратор этапа — ведущий инженер предприятия Алексей Смирнов.

В данном случае корректно использование тире: (Филиал КУП «Ромашка» — «Ромашка № 1»), так как это предложение с пояснительной конструкцией.