В словарях фразеологизмов не зафиксировано сочетание как по волшебству — только сочетание как по мановению волшебной палочки. Впрочем, сочетание как по волшебству в приведенном предложении есть основания считать обстоятельством образа действия (= «волшебным образом») и все-таки не обособлять.

Не зная контекста, дать однозначный ответ затруднительно. В целом более логичным представляется вариант «формировать отчеты по запросу»: статус прямого дополнения, безусловно, выше. Однако если, например, перечисляются должностные обязанности сотрудника, в которые входит формирование разных документов как по распоряжению начальства, так и по запросам от разных инстанций, причем в случае запроса из некой другой инстанции формируются такие документы, которые во внутреннем документообороте учреждения не используются, то вполне осмысленным может оказаться вариант, скажем, «формировать по запросу Министерства руководящих указаний отчеты о количестве перебитых стаканов» и т. п.

Вы совершенно правы. Корректны варианты: Мы далеки от понимания механизмов, лежащих в основе процесса; Механизмы, лежащие в основе процесса, ещё не изучены и т. п. 

По правилам русского языка, сопровождая цифровую запись словесной в скобках, следует использовать строчную букву. Например: "125 (сто двадцать пять) рублей".

Противоречия не видим. Использование формы единственного числа глагола-сказуемого при согласовании с существительным миллиард носит рекомендательный характер. Форма множественного числа в этом случае тоже возможна: Миллиард людей улучшили качество жизни.
В предложении Миллиард людей, которые улучшили качество жизни... придаточное предложение относится к существительному люди, поэтому и союзное слово которые употреблено в форме множественного числа.
Это верно как по смыслу, так и грамматически. 
 

Ты что такой ленивый? (где что — вопросительное местоименное наречие) = Ты почему такой ленивый? 

Ты что, такой ленивый? (где что — частица, синонимичная частицам разве или неужели и формирующая вопросительность; при этом частица что (в отличие от остальных) интонационно выделяется: на нее падает фразовое ударение, равнозначное ударению на сказуемом, после нее обязательна пауза, почему и обязателен знак препинания, запятая или тире) =  Что, ты такой ленивый? 

Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Иван, не помнящий родства — это фразеологическое выражение, и потому замена любого компонента (в том числе и грамматической формы) разрушает его образность. Так презрительно называют человека неблагодарного, относящего с полным безразличием к своим предкам, воспитателям, Родине и т. п.

Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире:  Ребята обернулись и поклонились — как по команде.

Существуют правила русской передачи иностранных собственных имен, в частности географических названий. В справочнике Р. С. Гиляревского и Б. А. Старостина «Иностранные имена и названия в русском тексте» (М., 1985)  указано следующее: удвоенное английское l передается по общим правилам транскрипции удвоенных согласных, то есть между гласными и в конце слова ll — лл, по соседству с согласными ll — л в географических названиях (с. 82).

Правилам будет соответствовать написание Гравити-Фолс. Ср. с другими названиями с той же второй частью, например: го­ро­да Ай­да­хо-Фолс, Ту­ин-Фолс («Большая российская энциклопедия»).