Это суффиксальные образования с гаплологией.
Склоняются обе части сложного слова: о счетах-фактурах, без счетов-фактур. Наречие наголову образовано от сочетания формы существительного голова (вин. п.) с предлогом. Этот способ называется сращением.
Глагол исходить образован приставочным способом от глагола ходить.
Глагол появляться образован суффиксальным способом от глагола появиться.
Существительно глубь образовано от прилагательного глубокий, способ образования – нулевая суффиксация (иное название – безаффиксный способ).
Эти слова образованы идентичным способом, который называется безаффиксным или "нулевой суффиксацией".
Можно использовать кавычки, читателю в этом случае будет легче воспринимать текст.
Правильно: любым из предусмотренных программой способов .
Вам нужно условиться с учителем о том, каким способом обозначить орфограммы и пунктограммы, поскольку возможны разные условные обозначения.
