В словах памятник, парник, выпускник выделяется суффикс -ник: памятник – архитектурное или скульптурное сооружение в память какого-либо лица, события; парник – помещение, где выращивают ранние овощи, плоды с помощью пара, выпускник – учащийся, которого выпускают (в знач. "доводят до конца обучения") из учебного заведения. Производящие слова здесь – память, пар, выпускать.

Сочетание суффиксов -н- и -ик-, конечно, возможно. Например, в существительном умник два суффикса: ум-н-ик. Умник – умный человек (или тот, кто считает себя умнее других), это слово образовано от умный с помощью суффикса -ик, а умный – от ум.

Можно обращаться к «Толковому словообразовательному словарю русского языка» И. А. Ширшова (М., 2004) и к «Морфемно-орфографическому словарю» А. Н. Тихонова (М., 2002). 

Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой. Таким образом, вторая запятая не требуется.

По структуре это либо сложноподчиненное предложение (тогда перед например ставится запятая, как Вы и указали), либо предложение, имеющее вставную конструкцию.

Вставные конструкции могут располагаться не только в середине, но и в конце предложения и выделяются с помощью тире или скобок. Здесь вставная конструкция представляет собой целое предложение и отделяется тире.

Обращения обособляются.

Слова по крайней мере выделяются запятыми как вводные. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Уточнения и пояснения выделяются запятыми. 

Запятая нужна. Слова прошу прощения в данном случае являются вводными и выделяются запятыми с двух сторон.

Эти слова не выделяются запятыми.

Если вставные конструкции выделяются при помощи тире, их не нужно дополнительно выделять запятыми. При этом запятые могут ставиться по условиям контекста (на своих основаниях). Запятая предшествует тире.

Оба сочетания не требуют запятых. Предложение оформлено верно (только не хватает точки в конце).