ИТАК, союз

Соединяет предложения или части сложного предложения. Сближаясь по значению с вводными словами «следовательно», «таким образом», союз «итак» отделяется запятой (реже тире) от последующей части предложения. 

Вчера в театре объявил я, что ты занемог нервическою горячкою и что, вероятно, тебя уже нет на свете, – итак, пользуйся жизнию, покамест еще ты не воскрес. А. Пушкин, Роман в письмах. Итак, стояло чудное осеннее утро. Д. Мамин-Сибиряк, Дурной товарищ. Итак, Олечка слабела всё больше и больше в этой борьбе, а воротник укреплялся и властвовал. Н. Тэффи, Жизнь и воротник. Итак, прощай. // До новой дали. // До новой встречи, // Старый друг! А. Твардовский, За далью – даль. Итак – два противоречивых обвинения сформулированы. В. Катаев, Время, вперед!

Глаголы нагородить и угораздить не являются однокоренными словами не только в современном русском языке, но и этимологически. Корень -город- восходит к праславянскому *gordъ ‘ограда, забор’; слово горазд (гораздый) ― древнее заимствование из готского *garazds ‘говорящий разумно’ от приставки ga- и razda ‘язык’.

Диалектный глагол гораздить в значении ‘строить, стряпать, делать, ладить, придумывать, умудряться’ встречается только в словаре В. И. Даля, который не является нормативным словарем. В этом словаре собран богатый, но весьма неоднородный и несистематизированный языковой материал. В нормативных и специальных диалектных словарях слово гораздить не фиксируется,  поэтому установить его словообразовательные связи в значении, указанном В. И. Далем, не представляется возможным.  

В первом предложении знаки поставлены корректно. Во втором предложении есть тире, поставленные на разных основаниях, что некорректно прежде всего потому, что затемняет логические связи внутри конструкций. Поскольку на месте пропущенных членов в неполном предложении (а в нем есть неполные части, в которых восстанавливается сочетание сократила/сократил добычу) возможно только тире, рекомендуем в этом случае для выделения пояснительных конструкций использовать запятые: По данным Министерства энергетики Российской Федерации, опубликованным 24 января 2025 года, «Роснефть» сократила добычу на 2 процента, до 75 миллиардов кубометров, «Лукойл» — на 6 процентов, до 17 миллиардов кубометров, а «Сургутнефтегаз» — на 11 процентов, до 6 миллиардов кубометров.

Вопрос задается от главного слова к зависимому, при этом обозначается направление синтаксической связи. Между подлежащим и сказуемым двунаправленная связь, и ни один из этих членов не является главным в отношении другого. Поэтому вопрос от сказуемого к подлежащему задавать не следует. Это может в числе прочего провоцировать ошибки в определении синтаксического статуса того или слова, поскольку и к дополнению, и к подлежащему может быть задан один и тот же вопрос что? Существует, впрочем, т. н. вербоцентрическая синтаксическая теория, где сказуемое считается единственным главным членом предложения, подчиняющим себе в том числе и подлежащее. Однако это уже сфера собственно научного синтаксиса, где школьная практика задавать вопросы к зависимым членам предложения не используется.

В морфемных словарях в слове смирный выделяется корень -мир-, приставка с- и суффикс -н-. См., например «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Основой собственно морфемного анализа является стремление выявить структуру слова путем вычленения узнаваемых морфем.

В словообразовательных словарях, созданных на основе концепции А. Н. Тихонова, граница между приставкой и корнем в слове смирный считается утраченной, так как в современном русском языке толкование этого слова (‘спокойный, тихий, покорный’) не связано напрямую с корнем -мир-, а производящее слово смир (‘мир, покой’) утрачено. Поэтому в словарях, описывающих словообразовательные связи в современном русском языке, это слово считается непроизводным с корнем смирн-.

Согласно проведенным наблюдениям самые ранние примеры употребления этого выражения обнаруживаются в начале 2000-х гг. Широкое распространение оно получает к середине 2010-х гг. Его источником послужили, возможно, высказывания типа Он художник от слова «худо», где обыгрывается практика подкреплять то или иное суждение ссылкой на этимологию или словообразовательные связи определенного слова. Таким образом, высказывание типа Он совсем не умеет рисовать превращается в намеренно парадоксальное Он не умеет рисовать от слова «совсем» — сначала в рамках языковой игры, а затем уже и безотносительно к ней. Распространению выражения могла способствовать укорененность клише от слова X в школьной практике. В литературный язык выражение от слова «совсем» не входит.

Важно различать синхронный (современный) морфемный и исторический (этимологический) состав слова. Исторически одно слово может быть образовано от другого. Но назвать слова однокоренными в современном русском языке можно только в том случае, если и сейчас оба слова живут в языке, если чувствуется смысловая связь производного и производящего, если мы можем объяснить значение производной основы через значение производящей. Конечно, слова отчаянный, отчаяться восходят к чаять, исторически в них один корень. Но вполне разумной представляется позиция «Морфемно-орфографического словаря», где этот корень на синхронном уровне уже не выделяется: слова чаяние, чаять ушли на периферию литературного языка и почти забыты, в словарях они сопровождаются пометами устар. и прост., для многих носителей языка связь слов отчаянный и чаять неочевидна (т. е. смысловые связи почти разрушены).

Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).

Корректность двух последних из приведенных Вами примеров (бессоюзного сложного и сложноподчиненного предложений) не вызывает сомнений. Что касается возможности употребления сочетания становится ясно в роли вводного, то она сомнительна. Важным формальным свойством вводных конструкций является отсутствие грамматической  связи с каким-либо членами или частями предложения, из чего следует ещё одно свойство — способность занимать в предложении любую позицию: начальную, срединную, конечную. Сочетание становится ясно едва ли возможно «передвигать» из начальной позиции в какую-то другую, сравним: ^?Чрезмерное потребление, становится ясно, духовно обедняет человека; ^?Чрезмерное потребление духовно обедняет человека, становится ясно. При этом, конечно, ничто не мешает выделить эту конструкцию в срединной позиции как вставку (такое возможно с любой частью предложения): Чрезмерное потребление — становится ясно — духовно обедняет человека.

За что — это союзное слово (с предлогом). В данном случае оно служит средством связи частей сложноподчиненного предложения особого типа. Вот что говорится о них в справочнике Е. И. Литневской: «В русском языке представлен еще один тип придаточных предложений, не нашедший отражения ни в одном из учебных комплексов. Это придаточные присоединительные. Их особенность заключается в том, что они не эквивалентны ни одному из членов предложения, к ним не может быть поставлен вопрос от главной части, что является причиной их выделения в отдельную группу».

Местоимение что, в том числе с предлогом за, в разных контекстах может быть вопросительным (За что его наказали?) или относительным, то есть союзным словом (Я не понял, за что его наказали — придаточное изъяснительное).