Оформленные латиницей названия видов в биологической номенклатуре принято писать именно так: родовое название с прописной буквы, а видовое – со строчной.

Во избежание двусмысленности разумнее использовать описательный оборот: корабли, принадлежащие компании "Дело". 

Оба слова могут быть употреблены. Смысловые признаки производных слов обычно характеризуются предельно обобщенно: существительные с приставкой сверх- и супер- называют предмет или явление повышенного качества или усиленного действия. У создателя есть возможность дать новому слову с такой приставкой авторское толкование.

Лексическая недостаточность присуща разговорной речи. В научном или официально-деловом тексте, как правило, пишут об уровне чего-либо измеряемого, например, уровне выполнения / проведения экспертизы.

Ваш вопрос (Является ли обувь одеждой?) энциклопедический по своей сути и предполагает обращение к справочно-энциклопедической литературе и нормативным описаниям. Словарные толкования — в соответствии с задачами конкретного лексикографического издания — описывают смысловые признаки слов, а не содержание понятий.

Если в диагнозе указано несколько состояний, их следует перечислить через запятую. Например: «Редуцированная гемангиома волосистой части головы, вторичная рубцовая алопеция, атрофия кожи волосистой части головы».

Нет, здесь возможно только раздельное написание. Можно перестроить фразу, например: Вопреки п. 2 протокола не исполнено поручение...

Корректно: Директор МОУ Дмитровская СОШ № 8, Устав МОУ Дмитровская СОШ № 8. 

Нет, такие сочетания не соответствуют нормам современного русского литературного языка, хотя многие лингвисты отмечают экспансию предлога на в разговорной речи. 

"...предлог на, как, например, приставка про- (всякие там пролечить, проплатить), в последнее время замелькал довольно активно: на тюрьме (как на зоне), на вагоне (Кипяток попросите на соседнем вагоне — недавно в поезде услышала), на районе (даже в какой-то рекламе было: У нас на районе никто не зажигает). А мое любимое выражение с предлогом на — на позитиве: Я пришел такой весь на позитиве. Раньше говорили на нервах, на голубом глазу, а теперь еще и на лавэ (то есть, при деньгах). <...> Вот в каком-то блоге обсуждают фотографию приятеля: смотри, мол, какой нарядный, на костюме (далее непечатно). Или вот по поводу дресс-кода: обязательно ли в этой фирме ходить на костюме, на галстуке? Попутно выяснила, что выражение на галстуке есть еще в жаргоне автомобилистов: в смысле машина заглохла, пришлось ехать на галстуке" (И. Левонтина. Русский со словарем. М., 2016). 

Да, запятые расставлены верно. Однако один из причастных оборотов лучше заменить на придаточное предложение, например: метод анализа цен, содержащихся в реестре контрактов, которые заключены по итогам осуществления закупок.