Отсутствие фразеологизма в словарях или его иностранное происхождение не означает, что к нему неприменимы пунктуационные правила. Приведенная Вами фраза, безусловно, фразеологизм, поэтому обе запятые перед что не нужны.

В большинстве словарей проводится такое разграничение: как научный термин – только фенОмен, а в значении 'о человеке, отличающемся какими-л. выдающимися способностями, талантами, чертами и т. п.' – предпочтительно фенОмен и допустимо феномЕн.

К сожалению, школьный учебник, ставя перед собой задачу изложить правило кратко и однозначно, терпит неудачу, потому что в настоящем (а не школьном) русском языке однозначность здесь невозможна.

На самом деле логика в правиле есть, и она очень простая. В научных трудах по современной русской орфографии сейчас говорится так: не с качественными прилагательными и производными наречиями в позиции сказуемого пишется слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).

Правильным будет написание девочка не красивая, девочка не красива, если можно подставить слова, подчеркивающие отрицание: девочка (отнюдь) не красивая, девочка (отнюдь) не красива. Например, если автор возражает кому-то, кто утверждает, что девочка красивая, он тем самым делает акцент на отрицании и пишет раздельно.

Правильным будет написание девочка некрасивая, девочка некрасива, если можно подставить слова, подчеркивающие утверждение: девочка (очень) некрасивая, девочка (весьма) некрасива. Если автор хочет подчеркнуть эту особенность внешности девочки, он напишет слитно.

Таким образом, окончательное решение о слитном и раздельном написании на самом деле принимает пишущий, который должен отдавать себе отчет в том, что́ он хочет выразить: отрицание признака — и тогда написать не отдельно от следующего слова или утверждение признака — и тогда написать не слитно. Это решение может быть принято только в условиях контекста.

Правильно: настоянное на травах снадобье. Нет слова настоенный, есть слово настоянный (от настоять). Слова в словарях следует искать по начальной форме (для прилагательных и причастий это форма мужского рода ед. числа именительного падежа):

Орфографический словарь

Если Вы имеете в виду передачу внутренней формы заимствованного имени, то, как правило, не переводятся. Например, никто не станет называть Светланой француженку по имени Claire. Однако если автор иноязычного художественного текста использует так называемые говорящие имена, без понимания которых смысл текста оказывается для читателя обеднен, то такие именования переводятся. Таковы, например, имена некоторых персонажей цикла романов о Гарри Поттере: фамилию Longbottom ('толстозадый') переводили как Долгопупс и Длиннопопп.  

Такого союза то что нет в литературном русском языке, в том числе в разговорной речи (разговорная речь – это тоже часть литературного языка). Подобное употребление слов то что ошибочно. Если всё же нужно передать это неправильное произнесение на письме (например, в исследовании, посвященном неправильному употреблению), можно записать: Стало грустно от мысли, то что она не придет.