Согласны, в этом предложении деепричастный оборот должен быть обособлен. Помимо названных Вами факторов, он еще и находится перед глаголом-сказуемым (деепричастные обороты с наречным значением тяготеют к постпозиции).

Норма пока не изменилась, в значении 'пройти какой-либо курс обучения, завершить обучение где-либо' в неразговорных текстах употребляется глагол окончить, см. «Словарь-справочник трудностей русского языка».

Если прямая речь выполняет функцию какого-либо члена предложения, двоеточие перед ней не ставится: Сначала это значило «Кого назвала — тот и захотел» (здесь прямая речь, представляющая собой «перевод» реально сказанных слов, замещает позицию дополнения). Глаголы и глагольные словосочетания, обозначающие движения и выражения лица (к ним относятся и тянуть руки, и глаза светились), могут использоваться в качестве слов, вводящих прямую речь: Но через пару занятий студенты уже сами начали тянуть руки, глаза светились: «Я хочу!»

Вопрос действительно туманный. Поясните, пожалуйста.

Короткий ответ на Ваш вопрос примерно таков. Буква э неслучайно появилась в русской кириллице только в эпоху Петра I — до этого времени в ней не было необходимости, так как звук этот (без сочетания с предшествующим [й], как в словах типа ель, поешь и т. п.) в исконно русских словах не встречался вовсе. Именно в эпоху массового заимствования русским языком слов из языков западноевропейских эта буква и понадобилась — и стала несомненным маркером заимствований. Против введения ее в алфавит яростно протестовал М. В. Ломоносов, писавший: "...ежели для иностранных выговоров вымышлять новые буквы, то будет наша азбука с китайскую". Последовательным сторонником использования буквы э в современном русском письме был Л. В. Щерба, который, однако, замечал: "Единственным оправданием правописания е вместо э в нарицательных заимствованных словах является постоянно протекающий процесс русификации этих слов. По мере их словарного освоения происходит и русификация их произношения, что, конечно, происходит чаще". Иначе говоря, произношение заимствованных слов со временем меняется. Теперь нормативно произношение слов типа музей, пионер, крем и т. п. с мягким согласным вместо изначального твердого. А периодически менять орфографию подобных заимствований было бы не слишком удобно. 

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

Правильно без тире: Кошка, кстати, животное. См., например, пункт 6 параграфа 15 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Можно узнать, в каком значении используется слово? Это то же, что донорство?

Вы правы, запятые здесь не нужны. Разобраться с этими и другими трудными случаями Вам поможет наш «Справочник по пунктуации».

Возможны варианты слогораздела: му-дрый и муд-рый, во-зду-шный и воз-душ-ный. Разные учебники придерживаются разных теорий деления слов на слоги. Что же касается морфемного состава, то он важен не для слогораздела, а для корректного переноса слова.