Большой толковый словарь

Лучше: справочник по использованию оборудования, по работе с оборудованием (или инструкция к оборудованию).

В значении "кстати, к слову, между прочим" эти слова выступают как вводные и обособляются.

Лучше: претензий друг к другу не имеют.

Поскольку вставная конструкция примыкает к причастному обороту, запятую следует поставить после нее (как во втором варианте).

Правила русского языка этого не регулируют, следует обратиться к правилам языка, на котором написано конкретное название. 

Причастие относится к слову деятельность, поэтому, как и определяемое слово, должно стоять в форме винительного падежа. Корректно: Копия лицензии на деятельность, связанную с обращением взрывчатых материалов промышленного назначения.

Уточняется, что "творительный" должен быть творительным лица (не любимый матерью ребенок) или орудия (не тормозимое воздухом движение). В этом случае есть основания считать соответствующие слова причастиями, а не прилагательными, и писать их раздельно с НЕ.

Слово непередаваемые в сочетании непередаваемые словами Д. Э. Розенталь относит к числу отглагольных прилагательных, которые пишутся слитно с НЕ, как раз по причине отсутствия явно выраженного "инструментального" значения творительного падежа у слова словами.

Это предложение с присоединительным членом (и выгода тоже).

Присоединительные члены предложения имеют характер сведений добавочных, сообщаемых попутно, в дополнение к содержанию основного высказывания. Такие члены предложения выделяются запятыми и обычно вводятся словами и сочетаниями слов (частицами, союзами или их сочетанием) даже, в особенности, особенно, главным образом, в том числе, в частности, например, и притом, и потому, да и, да и только, да и вообще, и, тоже, и тоже, причем и др.

Если перестроить предложение, оно, действительно, станет предложением с однородными подлежащими.

Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.

Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".

Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.

Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.