Выбор варианта зависит от контекста.

Правильно: невооруженным глазом.

На Ваш вопрос можно ответить, воспользовавшись «Большим толковым словарем русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. В словарной статье сколько находим значение, в котором слово употреблено в Вашем предложении, — I.2, там же указана часть речи, соответствующая данному значению, — I. местоим. нареч. (местоименное наречие). 

Академическим орфографическим словарем зафиксированы два варианта написания этого корня: глутама́ты и глютама́ты, глутами́н и глютами́н, глутами́новый и глютами́новый.

Если в тексте перемежается внешняя речь (обращенная к собеседнику) и внутренняя (подумал про себя), то внешняя речь оформляется при помощи абзацного выделения, а внутренняя — при помощи кавычек. При этом прямая речь с кавычками оформляется по общим правилам:

• если прямая речь заканчивается точкой, точка ставится после кавычек;
• если прямая речь заканчивается вопросительным, восклицательным знаком или многоточием, знак пишется внутри кавычек, а точка после них не ставится.

Верно: «У меня! — услышал Горбун внутри голос своего сердца. — Ты влюблен в принцессу!» «Я? В принцессу? Глупости! Как могу я — такой страшный и мрачный — любить такую прекрасную Розу?» «Неужели кто-то полюбит такого уродливого горбуна, как я? — с горечью думал он. — А я сам смогу полюбить кого-то?» Он не знал ответа, до сих пор ему знакомы были только ненависть и зависть. От удивления Горбун застыл на месте и стоял столбом, не веря своим глазам: «Разве на свете бывает такая красота?!"

Это выражение устойчивым не является. Вероятно, это искаженный фразеологизм: ВАРИТЬСЯ В СОБСТВЕННОМ СОКУ. Разг. Жить и работать вне связи с общественной жизнью, изолированно от неё.

Ответ дополнен. Спасибо за замечание!

Трудно представить себе необходимость такого пунктуационного оформления. Может быть, стоит просто заключить весь отрывок в одну пару скобок? В любом случае в данной схеме мы не усматриваем оснований для постановки запятой.

В приведенном Вами тексте знаки препинания не нужны.