Эти пары включаются в словари паронимов; см., например: Бельчиков Ю. А., Панюшева М. С. Словарь паронимов русского языка. М., 2002.

Мы не выполняем домашние задания.

Рекомендуемый вариант:
— Здесь стояла моя батарея. Мы били по фашистским самолетам, которые летели к Москве.
— Здесь? — Мальчик удивлённо посмотрел на крыльцо и потрогал рукой перила.
— Да, да, здесь.
Я почувствовал, что он не верит мне.

Это неверное сочетание. Слово двое употребляется только с одушевленными существительными мужского и среднего рода (двое мальчиков) и с существительными, не имеющими единственного числа (двое саней). В данном случае верно: ...три статьи и два тезиса.

Дефис нужен. Сочетания, имеющие значение приблизительного указания на количество или время чего-либо пишутся через дефис, ср.: день-другой, неделя-другая, напишет письмо-другое, год-два, два-три часа, раза три-четыре, человек двенадцать-пятнадцать, двое-трое мальчиков, вдвоём-втроём; Он вернется в марте-апреле. 

См. также фиксацию в орфографическом словаре.

Ю. А. Бельчиков в справочнике «Практическая стилистика современного русского языка» (М., 2012) дает следующую рекомендацию для подобных конструкций: ставить сказуемое во мн. число, если необходимо подчеркнуть, что производителей действия было много или несколько; если нет такой необходимости, то возможно употребление сказуемого в ед. числе. 

Глагол вырезать имеет вариантные формы пов. наклонения ед. числа: вырежи и вырежь. При таких вариантных формах форма мн. числа оканчивается орфографически на ьте. Поэтому правильно: вырежьте. Ср.: вылези, вылезь и вылезьте; выстави, выставь и выставьте. (См.: Бельчиков Ю. А. Практическая стилистика современного русского языка. М., 2012. С. 210.)

Д. Э. Розенталь рекомендовал в подобных конструкциях согласовывать сказуемое с подлежащим, а не с уточняющими (поясняющими) членами предложения: пользователь... не должен. Ю. А. Бельчиков (см. его справочник «Практическая стилистика современного русского языка» (М., 2012)) указывает, что не в официальной речи допустимо согласование с уточняющими (поясняющими) компонентами: пользователь, например взрослые и дети, не должны... 

В Орфографическом словаре на нашем портале отмечено лишь слово хедер (толкования в некоторых словарях такие: "еврейская начальная школа для обучения мальчиков основам иудаизма" и "от англ. header, жатвенный рабочий орган зерноуборочного комбайна"). Что касается названных Вами слов, то они пока что не получили словарной фиксации, поэтому написание неустоявшееся. Предпочтительно написание через Е: хедер, бекап.

Обратите внимание на формулировку: «чаще всего». Действительно, фамилии, совпадающие с нарицательными существительными, личными именами и географическими названиями, часто не склоняются: у их носителей, да и у редакторов (корректоров) текстов возникает желание не склонять подобные фамилии, чтобы отличить их от соответствующих нарицательных слов, имен или топонимов. Однако можно говорить лишь о допустимости несклонения этих фамилий, поскольку грамматическая норма русского языка требует такие фамилии склонять.