Действительно, здесь возможны разночтения. Снять их поможет контекст. Если контекста нет, а автору важно избежать двоякого толкования, предложение лучше перестроить.

Кавычки нужны. Однако их можно снять, если читателям будет понятно, в каком значении употреблено слово крот, если это слово используется в тексте часто.

Сокращения имен и отчеств не регламентированы. Традиционно сокращение делается до одной буквы. Возможно, сокращение Вс. было решено использовать, чтобы снять омонимию, предупредить неправильную расшифровку имени. 

Короткий ответ на Ваш вопрос примерно таков. Буква э неслучайно появилась в русской кириллице только в эпоху Петра I — до этого времени в ней не было необходимости, так как звук этот (без сочетания с предшествующим [й], как в словах типа ель, поешь и т. п.) в исконно русских словах не встречался вовсе. Именно в эпоху массового заимствования русским языком слов из языков западноевропейских эта буква и понадобилась — и стала несомненным маркером заимствований. Против введения ее в алфавит яростно протестовал М. В. Ломоносов, писавший: "...ежели для иностранных выговоров вымышлять новые буквы, то будет наша азбука с китайскую". Последовательным сторонником использования буквы э в современном русском письме был Л. В. Щерба, который, однако, замечал: "Единственным оправданием правописания е вместо э в нарицательных заимствованных словах является постоянно протекающий процесс русификации этих слов. По мере их словарного освоения происходит и русификация их произношения, что, конечно, происходит чаще". Иначе говоря, произношение заимствованных слов со временем меняется. Теперь нормативно произношение слов типа музей, пионер, крем и т. п. с мягким согласным вместо изначального твердого. А периодически менять орфографию подобных заимствований было бы не слишком удобно. 

Попробуем дополнить ответ, используя транскрипцию всех примеров.

В русском языке действуют фонетические законы. В области вокализма это прежде всего аканье ― произнесение О в безударной позиции как [а]. В результате в словах может возникать сочетание двух гласных [а], включающее как сочетание двух безударных звуков [а] (ѝноаге́нт – [инаагэѐнт], кѝноактёр – [кѝнаакт’о́р], баоба́б – [бааба́п], цѐнтроархи́в – [цѐнтраархи́ф] и т. п.), так и сочетание ударного и безударного [аа́] (соа́втор ― [саа́втор], коа́ла ― [каа́ла] и т. п.).

Эти примеры показывают, что сочетание двух звуков [а] внутри слова (внутреннее зияние) нормативно для русского языка и нет никаких факторов (например, место ударения, способ образования слов и проч.), ограничивающих его использование. Нормативно и сочетание других гласных при внутреннем зиянии, ср.: радиоузел, пунктуационный, аудиоанестезия

Неблагозвучные сочетания гласных звуков возникают в речи обычно при соединении слов (внешнем зиянии), таких сочетаний желательно избегать.

Лингвисты изучают и фиксируют норму в словарях и грамматиках, рассматривая при этом язык как живую, саморазвивающуюся систему, на которую невозможно влиять. Поэтому мы не можем посоветовать, какую-либо инстанцию, способную изменять словообразовательные модели и произносительные нормы.

При анализе структуры слова результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным. Это связано с тем, что анализ может быть:

1. словообразовательным и собственно морфемным;

2. синхроническим и диахроническим.

Чтобы понять, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, необходимо внимательно ознакомиться с предисловием и теоретической частью словаря.

Членение замет-н-ый представлено в «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова. Прилагательное заметный в этом словаре рассматривается как мотивированное непроизводным (с точки зрения современного, состояния языка) глаголом заметить. По сути, в этом словаре в слове выделяется не корень, а непроизводная основа слова, которое находится в вершине словообразовательного гнезда. Непроизводным глагол заметить считается в связи с утратой семантической связи с исторически производящим для него словом метить.

Однако словообразовательная непроизводность в современном языке не исключает возможность членения при собственно морфемном анализе. Поэтому в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой в слове заметить выделяется приставка за- и корень -мет-.

В этимологических словарях, демонстрирующих диахронические процессы образования и изменения слова, глагол заметить обычно отсылает к словарной статье производящего слова метить, подтверждая историческую членимость приставочного глагола (см., например «Этимологический словарь» М. Фасмера).

Ваша пунктуация верна. Снять неоднозначность поможет замена причастного оборота на придаточное предложение: Сотрудник Управления, который отвечает за сохранность продукции, выписываемой для продажи, а также его непосредственный руководитель несут ответственность...

Большой толковый словарь

Действительно, на сайте технические сбои, в данный момент работа частично восстановлена. Если у Вас не загружаются какие-либо страницы, пожалуйста, напишите на portal@gramota.ru и укажите версию браузера, которую Вы используете. Спасибо!

Вы правы, предложение следует дополнить. Также рекомендуем изменить порядок слов, например: Учитывая изложенное, полагал бы целесообразным снять обращение с контроля.

Возможно, здесь лучше использовать форму полагаю вместо полагал бы, но это зависит от контекста.