Ваше толкование этих слов не вполне верно. Да прибудет означает «пусть придет, увеличится», а да пребудет - «пусть будет (с кем-то), не покинет (кого-то)». Подробнее о значениях слов прибыть и пребыть можно прочесть в толковых словарях, в том числе на нашем портале.

Вы написали правильно. 

Если говорить об орфографически правильном написании, оно было бы таким: ГУ «ВШЭ», Государственный университет «Высшая школа экономики».

Знак дефиса (орфографический) в официальном полном наименовании, конечно же, следовало бы заменить на пунктуационный знак тире. Дефис в аббревиатуре обосновать можно: аббревиатура – это единое слово.

У приставки сверх- в современном русском языке имеется несколько значений, как регулярных и продуктивных (например, с ее помощью образуются прилагательные со значением признака, который характеризуется высшей степенью проявления качества: сверхмощный, сверхобычный), так и нерегулярных (например, она выделяется в словах сверхъестественный, сверхчеловеческий, имеющих значение признака, который характеризуется превышением предела или меры, а также осуществлением вне пределов того, что названо мотивирующим именем существительным). Можем осторожно предположить, что термин сверхъестественное появился в русском языке в результате калькирования латинского Supranaturalismus (от лат. supra — «сверх», и naturalis — «природный», «естественный»). 

Покольку характеристику А. С. Пушкина как великого русского поэта можно счесть чем-то вроде постоянного эпитета, полагаем, что и в текстах официально-делового стиля она вполне уместна. 

Именно такая фиксация – СМС-сообщение, сим-карта – в академическом «Русском орфографическом словаре» (4-е изд., М., 2012). Дело в том, что СМС расшифровывается как аббревиатура и по-русски («служба мобильных сообщений»), а сим  такой расшифровки в русском языке не имеет и не воспринимается по-русски как аббревиатура.

Для постановки запятых нет оснований.

Правило о том, что следует обособлять те слова, которые можно выкинуть, работает далеко не для всех членов предложения.