Использование союза и выводит областную газету из числа разных изданий; союз здесь выполняет соединительную функцию: Я работал в разных изданиях и, конечно же, в областной газете, где трудился 12 лет. Если же сочетание в областной газете мыслится как присоединительная конструкция (на что указывает Ваш вариант пунктуационного оформления), то к союзу и нужно добавить в том числе: Я работал в разных изданиях, и в том числе, конечно же, в областной газете, где трудился 12 лет. Областная газета при этом сохранит свою выделенность среди разных изданий благодаря вводному сочетанию конечно же.

Точка ставится после каждой цифры:
1.1.
3.1.12.
См.: Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. М., 2003.

Следует задать вопрос от определяемого слова: методики (какие?) включенные.

Поскольку из предложения не вполне ясно, "кто на ком стоял", предлагаем изменить порядок слов: Просим вас выдать в монтаж оборудование на Здание 12 с комплектом рабочей, технической и заводской документации согласно заявке с перечнем оборудования и актом входного контроля, проведённого АО «ООО» при поступлении оборудования.

Нет, некорректно. 

Большой толковый словарь русского языка

ЕДИНОВРЕ́МЕННЫЙ, -ая, -ое; -менен, -менна, -менно. Происходящий или производимый один раз, сразу. Е-ое пособие. Е-ая выплата. Е-ые выборы. 

В данном случае запятая не требуется.

Эти фамилии, действительно, могут склоняться – но только в непринужденной устной речи, причем с некоторым оттенком фамильярности. Вероятно, именно о таком разговорном употреблении шла речь на «Эхе». Согласно строгой литературной норме, фамилии на -ых не склоняются (ни мужские, ни женские). Как несклоняемые они отмечены, например, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка.

Приведем также цитату из работы Н. А. Еськовой «Трудности словоизменения существительных»:

«Особый тип представляют собой русские фамилии на -ых (-их), выдающие свое происхождение от формы родительного (и предложного) падежа множественного числа прилагательных: Белых, Черных, Крученых, Кудреватых, Долгих, Рыжих. По строгим нормам литературного языка такие фамилии не склоняются: лекции Черных, роман Седых, творчество Крученых и т. п.

Примечание. В непринужденной разговорной речи существует тенденция склонять такие фамилии, когда они принадлежат мужчинам, действующая тем сильнее, чем ближе общение с носителем фамилии. Так, в ныне не существующем Московском городском педагогическом институте им. Потемкина студенты сороковых-пятидесятых годов слушали лекции Черныха, сдавали экзамены и зачеты Черныху и т.п. (сказать иначе никому не приходило в голову). Если бы эта разговорная тенденция победила, фамилии на -ых, -их перестали бы отличаться от прочих фамилий на согласные».

Знаки препинания расставлены верно.

Обратите внимание, что предложение ...будет царить атмосфера традиций России 19 века стилистически некорректно, его лучше перестроить.