Это разные конструкции и разные значения предлога. Предлог по употребляется с предложным падежом при указании действия, события, после которого что-либо совершается: по завершении, по прибытии, по отъезде, по прилете. При обозначении пространства, места, на поверхности которого происходит какое-либо движение, предлог по употребляется с дательным падежом: по улице, по реке, по горе, по мосту, по проспекту.

Обороты с союзом как не выделяются запятыми, если оборот имеет значение образа действия. Обычно такие обороты можно заменить творительным падежом существительного или наречием, ср.: порхай бабочкой. Вот аналогичные примеры из полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006): Мы наступали. Сербы сражались как львы (ср.: по-львиному); Тропинка извивалась как змея (ср.: змеей).

Частица ну запятой не отделяется. Обособляется междометие ну, выражающее призыв или побуждение к действию: Ну, рассказывай! Вставай, ну! Ну, за встречу!

Частица ну в отличие от междометия не имеет ударения и не отделяется интонационно от последующих слов: Ну что за жизнь настала! Ну и что, что не сделал?  Ну как тебе не стыдно?

В этом предложении фраза «после урагана» является обстоятельством времени, которое относится только к первой части сложносочинённого предложения (наступил штиль). На разновременность действий указывает разный вид глаголов наступил и поднимался. Поэтому запятая нужна: После урагана наступил штиль, и чёрный дым поднимался к безоблачному небу, бросая на воды океана огромную тень в несколько километров.

Это сложносочиненное предложение, его вторая часть вводится вторым союзом и, поэтому запятая перед ним обязательна. Во второй части подлежащее все, а вместе — обстоятельство образа действия при сказуемом въехали. Правда, обстоятельство смещается влево, к подлежащему (его стандартная позиция не до, а после сказуемого), и создается впечатление, будто оно подчинено именно подлежащему. Но это только впечатление.

Предлог в в русском языке, как правило, связан с представлением о замкнутом пространстве, о нахождении внутри чего-либо, о действии, направленном внутрь чего-либо. Поэтому на сковороде используется, когда речь идет о поверхности сковороды; в сковороде — если акцент на внутреннем пространстве сковороды, ограниченном ее краями. Ср.: налить масло на сковороду — ткнуть вилкой в сковороду.

Наличие зависимого слова с вами однозначно указывает на то, что деепричастие не попрощавшись не утратило значение глагольности. Кроме того, значение обстоятельств образа действия (утративших значение глагольности) чаще выражают деепричастия на -а, -я (см. примечание к параграфу 72 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), а не на -ши, как в данном случае.

Предать – многозначный глагол, среди значений которого: 'подвергнуть действию чего-либо, отдать' (предать суду, предать огласке, предать огню), 'изменнически выдать' (предать партизан) и 'изменить, нарушить верность' (предать Родину, предать друга). Слово это заимствовано из старославянского языка и буквально означает «передать». Произношение этого слова не зависит от значения: предпочтительно предал (огласке, партизан, друга) и допустимо предал (огласке, партизан, друга).

На первый взгляд, это лексически избыточное сочетание, т. к. значение слова мотив – 'побудительная причина, основание, повод к какому-л. действию, поступку'. И тем не менее это сочетание зафиксировано в словарях русского языка (оно есть и в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова, и в «Словаре русского языка» С. И. Ожегова), поэтому можно говорить о его корректности.