Допустимы оба варианта.

Раньше слово бигуди склонять не разрешалось. Но постепенно склонение этого слова стало нормативным, и сейчас наблюдается такая картина: в одних словарях бигуди по-прежнему дано только как несклоняемое существительное, в других склоняемый и несклоняемый варианты даны как равноправные, а в третьих (к ним относится, например, Большой академический словарь русского языка) склоняемый вариант (с помощью бигудей) уже признается предпочтительным, а несклоняемый (с помощью бигуди) – допустимым, но устаревающим.

Вы правы, от имен, оканчивающихся на мягкие согласные, отчества образуются посредством присоединения суффиксов -евич, -евна; конечный мягкий знак при этом, как правило, опускается. Но от имени Эмиль образуется отчество Эмильевич. Такое написание отчества закреплено академическим «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой. Как в свое время объяснял В. В. Лопатин, наличие этого исключения связано с тем, что в нашей истории было два великих Эмильевича — Осип Мандельштам и Всеволод Мейерхольд. Их отчество пишется с мягким знаком, и именно в таком написании благодаря им оно закрепилось в нашей культуре и в нашем языке.

Если мы правильно угадали суть Вашего оставшегося за кадром вопроса, то и здесь корректно использовать кавычки разного рисунка: Шишкин разругал картину Репина с плотами на реке: «Ведь вот эти брёвна в воде... Должно быть ясно: какие брёвна — еловые, сосновые? А то что же, какие-то „стоеросовые“!»

Довольно тонкий теоретический вопрос... В целом мы готовы согласиться с Вашими рассуждениями. Но зачем с такой точностью различать, каков практический смысл этого?

Слово окрас используется по отношению к животным и птицам и не может заменить слово окраска. В Ваших примерах следует использовать слово окраска.

Эти выражения следует писать с дефисами, именно так, как в Вашем вопросе.

Слова со следующей за ними частицей то пишутся через дефис.

В этом предложении нет ошибки. Видимо, система думает, что слово незначительными не связано ни с каким существительным. Надо еще раз обновлять ее :)

Эти слова не вводные, но они в некоторых случаях могут обособляться для попутного смыслового выделения. В Вашем примере постановка запятых не требуется.