Приложение, присоединяемое словами по имени, по фамилии, по прозвищу и др., может выделяться запятыми (если нужно передать соответствующую интонацию). Если интонации обособления нет, запятые не ставятся. В приведенном Вами примере более вероятным представляется написание без запятых. Ср.: Мальчик этот, по имени Гумбольт, победил ведьму...
2. Не всегда. Дефис может как соединять части одного слова (светло-зеленый, ва-банк, жар-птица), так и соединять части словосочетания (писатель-фантаст, два-три, хитрый-прехитрый).
Ваш вопрос непростой, но очень интересный. Слово гоф?медик в словарях современного русского языка, в том числе в орфографическом, не фиксируется. При этом некоторая часть слов на гоф- отмечается, но написания у них разные, что обусловлено традицией и влиянием разных факторов, ср.: гоф-дама, гоф-девица, гоф-фактор, гоф-юнкер, гоф-юнкерский и гофинтендант, гофинтендантский, гофмаклер, гофмаклерский, гофмаршал, гофмаршальский, гофмейстер, гофмейстерина, гофмейстерский, гоффурьер, гоффурьерский.
Слово, о котором Вы спрашиваете, не является официальным названием. Его нет, например, среди придворных чинов в книге «Императорский двор России. 1700—1796 годы» О. Г. Агеевой (Наука, 2008). В «Словаре русского языка ХVIII в.» гофмедик упоминается в статье гоф в ряду других слов, а самостоятельной статьи не имеет. Важно, что словарь выбирает именно слитное написание, хотя дефисное в источниках словаря встречается. В предисловии специально оговаривается: «Среди вариантов слова устанавливается наиболее употребительный (сильный) вариант. Он выдвигается на первое место в ряду вариантов как представляющая слово форма-репрезентант». Это означает, что слитное написание в текстах превалировало. Слитного написания придерживается и «Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона» (т. I, вып. 2 (1907): Гальванохромия — Кившенко). Так как слово является историзмом, логично писать его в соответствии с традицией — слитно.
Вывести — глагол с приставкой вы-. Спряжение глагола с приставкой вы- проверяется по соответствующему бесприставочному глаголу или глаголу с другой приставкой.
Если в таком глаголе личные окончания ударные, то спряжение определяем по этим окончаниями, например:
(вы)вести, ведёшь, ведёт, ведём, ведёте, веду́т — I спряжение; значит, вывести тоже I спряжения: выведешь, выведет, выведем, выведете, выведут;
(вы)звонить, звони́шь, звони́т, звони́м, звони́те, звоня́т — II спряжение; значит, вызвонить тоже II спряжения: вызвонить, вызвонишь, вызвонит, вызвоним, вызвоните, вызвонят.
Если в глаголе окончание безударное, то проверяем по инфинитиву, например:
(вы)чертить, че́рт?т, че́рт?м..., инфинитив на -ить, не исключение — значит, глагол II спряжения: (вы)чертит, (вы)чертишь, (вы)чертим, (вы)чертите, (вы)чертят.
Эта особенность глаголов с приставкой вы- связана с тем, что приставочные и соответствующие бесприставочные глаголы относятся к одному спряжению, а приставка вы- имеет одну интересную особенность, отличающую ее от других приставок: в глаголах она перетягивает на себя ударение. Ср.: бежа́ть, забежа́ть, подбежа́ть, убежа́ть, отбежа́ть, прибежа́ть, но вы́бежать; соответственно, бежи́м, забежи́м, подбежи́м, убежи́м, отбежи́м, прибежи́м и — вы́бежим.
Очень интересный случай. Д. Э. Розенталь допускает постановку вопросительного знака, если вопросительная по цели высказывания часть сложноподчиненного предложения стоит после повествовательной и вопрос содержит сильно выраженную вопросительную интонацию (Скажите, пожалуйста, что это за огни? (Л.Т.); Я спросил, как же он стал отшельником? (М.Г.)) О предложениях с обратным порядком частей в правилах ничего не говорится.
В практике письма встречается разное оформление предложений, подобных Вашему:
Какого же чёрта ты называешь это имя всуе? Я тебя спрашиваю! Пушкин ― это поэзия, а не проза! Ты меня слышишь, Овалов? [Б. Минаев]
Куды ты его денешь? Куды? ― Я тебя спрашиваю! [В. Распутин]
Небось чтоб на сале жаренная? На сале, я тебя спрашиваю?! [О. Павлов]
Чем, черт меня подери, похож я на влюбленного? Ну чем, я тебя спрашиваю! Похож я на него хоть чем-нибудь?.. [А. Вампилов]
Вариант с вопросительным и восклицательным знаками, хотя и не соответствует интонации конца предложения, но однозначно показывает, что в предложении соединены разные по цели высказывания части. Такое оформление в выборке примеров Национального корпуса русского языка преобладает. При отсутствии кодификации полагаем, что вариант с вопросительным и восклицательным знаками можно признать допустимым.
Сочетание гормона стресса кортизола не требует постановки каких-либо знаков: это сочетание с приложением, следующим за определяемым словом, более узким и конкретным, чем приложение. См. пункт 1а параграфа 112 (раздел «Орфография») «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
2. Как правило, в начале предложения (или в начале одной из частей сложного предложения) сочетание тем не менее употребляется как союз и не обособляется: в этом случае мысленно его можно заменить на союзы но, однако.
Оборот с союзом как здесь обособляется, потому что приложение особый, ни на что не похожий случай имеет добавочние значение причины (проблема будет решаться отдельно, потому что это особый случай). См. параграф 64 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Поясняющее приложение одним из немногих разработчиков подобных систем должно быть выделено с двух сторон. Кроме того, для лучшего восприятия предложения желательно, если есть такая возможность, изменить порядок слов: Кстати, электронно-лучевая пушка произведена томской фирмой ТЭТА — одним из немногих разработчиков подобных систем — и отличается высокой надежностью.
Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.
Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.
