В этом предложении сочетание в том числе не выделяется запятыми.

В слове петербурженка суффикс -енк-. При добавлении к основе существительного мужского рода он образует существительное женского рода со значением лица женского пола: монах — монаш-енк-а; петербурж-ец — петербурж-енк-а (с усечением производящей основы); черкес — черкеш-енк-а.

В этом случае возможно двоякое толкование предложения. Здесь можно увидеть повторяющийся союз и, если автор хочет подчеркнуть  многосоставность действия: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять, и применять на практике. Однако можно счесть, что глаголы проверять и применять на практике образуют тесно связанную по смыслу пару, обозначая единый этап в какой-либо программе действий; в этом случае второе и является одиночным союзом, а первое и — частью сочетания еще и, имеющего присоединительно-усилительное значение: ...сделать выводы, а потом ещё и проверять и применять на практике.

Написание в рамках одного текста, конечно, должно быть единообразным. Но выбор варианта в данном случае — за автором. В неофициальном тексте у автора есть возможность писать в соответствии с орфографическими нормами: Государственная дума, Комитет Государственной думы по... При этом и в неофициальном тексте использование официальной формы написания (Государственная Дума, Комитет Государственной Думы по...) не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного.

Запятая перед что необходима в обоих случаях: она разделяет главную и придаточную части сложноподчиненного предложения. В первом случае слово что является союзом, во втором — союзным словом. Поскольку на союзное слово, в отличие от союза, падает логическое ударение, это уместно обозначить в тексте шрифтовым выделением или надстрочным знаком, например: Я знаю, что́ говорю.

Корректно, например: конец 1990-х — начало 2000-х гг.; в конце 1990-х — начале 2000-х гг.; с конца 1990-х — начала 2000-х гг.

Вы ведете речь о смысловых, а точнее — логико-понятийных основаниях употребления сложных слов. Если такие основания считать «правилами», то можно их называть логико-понятийными.

Для запятой нет оснований.

Некоторые односложные имена существительные мужского и женского рода, когда они в сочетании с предлогами в и на приобретают обстоятельственное значение, произносятся с ударением на последнем слоге:

бор — о бо́ре, но: в бору́;
печь — о пе́чи, но: в печи́, на печи́;
ряд — о ря́де, но: в ряду́;
снег — о сне́ге, но: в снегу́, на снегу́;
степь — о сте́пи, но: в степи́;
тень — о те́ни, но: в тени́;
цепь — о це́пи, но: в цепи́, на цепи́.

Если сочетание в любой тени отвечает на вопрос где?, т. е. является обстоятельством, то ударение ставится на окончании, если же оно отвечает на вопрос в чём?, т. е. является дополнением, то ударение ставится на основе.

Корректно: интегральные схемы СВЧ-диапазона.