В данном случае приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины и поэтому обособляется: Я вынужден, как профессионал, абстрагироваться от этого.
Приложение с союзом как имеет здесь значение причины: 'вам ничего делать не нужно, поскольку вы пассажир'. Следовательно, запятые ставятся.
В этом предложении слово благо выражает эмоциональную оценку и является вводным: Настроить все системы можно через приложение, которое, благо, полностью русифицировано.
Да, эти запятые нужны: приложение, присоединяемое союзом как, здесь относится к личному местоимению, а кроме того — имеет дополнительное значение причины.
С существительными, прилагательными, наречиями на −о отрицание не пишется раздельно в составе конструкций, усиливающих отрицание:
а) со словами вовсе не, отнюдь не, далеко не, ничуть не, нимало не, напр.: Этот случай вовсе не уникален; Это отнюдь не очевидно; Она далеко не храбрая; Человек он ничуть не глупый; Нимало не смущён;
б) с отрицательными местоименными словами: нисколько не, никак не, никого не, никому не, никем не, никогда не, никуда не, никакой не, ничего не, ничему не, ничем не и т. п., напр.: Случай никак не подходящий; Никуда не годный проект; Никакой он мне не приятель; нисколько не завистливый, никому не нужный, ни в коем случае не бесполезный, ни на что не годный, ни к чему не способен, ничем не интересный; Он нисколько не красивее своей сестры;
в) с союзом ни… ни, напр.: Ни хозяевам, ни гостям не известный мужчина; Не нужный ни мне ни тебе.
Логика здесь несколько иная. Несклоняемое приложение обычно ставится после словосочетаний. Именно поэтому корректно сочетание файловая система NTFS. Но при этом возможно: FTP-протокол.
Согласно правилам координации, здесь вместо дефиса нужно поставить тире, так как приложение состоит более чем из одного слова: организация — держатель подлинников.