Пунктуация корректна. Обратите внимание, правильно: был забросан камнями.

Внутри причастного оборота запятые в конструкции с такой... как ставятся по общему правилу: Назначение биотина эффективно при нарушениях обмена веществ, обусловленных мутациями в генах таких ферментов, как биотинидаза, синтетаза голокарбоксилаз, пропионил-КоА карбоксилаза.

Слова по крайней мере обычно обособляются как вводные, если относятся ко всему высказыванию: Андрей уже спал. По крайней мере, у него в комнате не было света. А. Алексин, Действующие лица и исполнители. Но запятые обычно не ставятся, если по крайней мере употребляются в роли частицы, относящейся к последующему члену предложения: Современники ожидали для молодого автора по крайней мере сибирской каторги... Б. Окуджава, Путешествие дилетантов. В приведенном Вами примере предпочтительно не ставить запятые. Но окончательное решение принимает автор текста.

Да, такой строй предложения возможен, и Вы привели хороший пример, который это подтверждает.

Да, названия, написанные латиницей, обычно не заключаются в кавычки. Именно по той причине, что кавычки – выделительный знак, а написание латиницей в русском тексте само по себе является выделительным. Но если в тексте несколько подряд названий, оформленных латиницей, и их границы не видны, то выделительная функция латиницы пропадает. В этом случае кавычки как раз уместны, чтобы показать границы названий.

Полагаем, что в данном случае, как и при записи математических формул,  следует использовать неразрывный пробел. При словесной записи корректно: проиграли со счетом «один — два».

Дело в том, что конструкция с родительным падежом без предлога неоднозначна: база данных провайдеров - та, в которой содержатся сведения о провайдерах, или та, которой владеют провайдеры? Нужно попробовать устранить неоднозначность грамматическими методами.

См. в «Словаре трудностей».