В современном русском языке в слове ссора выделяется корень ссор-; слова мусор и ссора однокоренными не являются. Более того, не являются они и этимологически родственными, т. к. происходят от разных основ: мусор связывают с мусолить, а слово ссора возводят к тому же корню, что и свара, сварливый.

Вы приписываете семантике современного слова полное совпадение с первоначальным значением его исторического корня. Этимологически слова оскорблять и оскорбление действительно восходят к праславянскому скорбь, родственному, в частности, и слову ущерб. Однако на протяжении тясячелетий слова могут сужать либо расширять свои значения, порою и вовсе утрачивая связь с этимоном.

Проливаем. Изгваздать - образовано от глагола гваздать, который, в свою очередь, восходит к сущ. гвазда "слякоть (в непогоду), грязь, топь". Родственный глагол в польском языке имеет значение "пачкать, марать", в словенском - "нести чушь". Этимологически может быть связано с прилагательным гидкий "отталкивающий, отвратительный", с древнеиндийским gutham "грязь, нечистоты".

Противоречие можно объяснить тем, что в толковании слова устный Вы не найдете слова уста. Морфемный словарь следует формальному критерию: если этимологически близкого слова нет в толковании, то корни будут разными. Как нам кажется, в случае со словом устный этим формализмом можно было бы пренебречь. Впрочем, Вы можете ориентироваться и на рекомендации словаря, почему нет?

В «Толковом словаре иноязычных слов» Л. П. Крысина в этимологической справке к слову гемоглобин приводится этимон языка-посредника — французского: hémoglobine, а к слову гемолиз —   немецкого: Hämolyse. Этим объясняется их фонетико-орфографическое преобразование в русском языке. При этом первоисточник у всех этих слов, разумеется, один и тот же: греч. αἷμα, род. падеж αἵματος – кровь.

Слова мандарин 'фрукт' и мандарин 'китайский сановник' связаны друг с другом. Как указывают авторы этимологических словарей, значение мандарин 'китайский сановник' первично; восходит это слово к древнему индоевропейскому корню. А фрукт мандарин первоначально назывался «апельсин мандаринский» и, по всей видимости, получил такое название по высокому мандаринскому сану (возможно, этот вкусный, благородный, нарядный плод сравнивался с богатым, знатным человеком, мандарином). Интересно отметить, что в XIX веке у нас мандарины обычно называли корольками.

Да, слова начало и конец этимологически родственные. Они восходят к одной и той же индоевропейской основе *ken 'появляться, начинать'. Отсюда же слово искони 'вначале'. Слово конец в древнерусском языке имело значение и 'граница' (где что-то кончается и что-то начинается). Объяснить это можно, учитывая представления наших предков о времени. Древние люди считали, что время циклично, поэтому начало и конец – это одна точка на колесе времени.