По происхождению компонент -ов- является суффиксом, так как топоним Иваново восходит к имени Иван. Если не обращаться к истории слова, а исходить из современных словообразовательных связей, то основу можно считать нечленимой, корнем — компонент Иванов. 

Верно: над Плещеевым озером. Окончание -ом в творительном падеже характерно для топонимов-существительных на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно). В названии Плещеево озеро слово Плещеево является прилагательным, поэтому упомянутое правило к нему не относится.

Как и все географические названия славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, название Бухалово склоняется в образцовой литературной речи, например: из Бухалова, в Бухалове. В разговорной речи допустимо название не склонять: из Бухалово, в Бухалово.

С точки зрения системы современного русского языка в слове Смирнов выделяются корень смирнов- и нулевое окончание. С исторической точки зрения в этом слове можно выделить приставку с-, корень мир-, а также суффиксы -н- и -ов- + нулевое окончание. 

Не образуется краткая форма от качественных прилагательных, которые:
1) имеют характерные для относительных прилагательных суффиксы -ск-, -ов-/-ев-, -н-: коричневый, кофейный, братский;
2) обозначают масти животных: каурый, вороной;
3) имеют суффиксы субъективной оценки: высоченный, синенький.

Корректно: в деревне Васькино. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом: из района Люблино, в сторону района Строгино, к району Митино, в городе Иваново, из деревни Простоквашино, до края Косово.

Да, это название склоняется (как и все славянские названия на -ово, -ево, -ино, -ыно). Правильно: в Енакиеве (склоняемый вариант соответствует строгой литературной норме) и в Енакиево (несклонение сейчас тоже считается допустимым). Но: в городе Енакиево. Подробнее см. в рубрике «1toponimy/">Азбучные истины».

Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.

В существительном подосиновик два суффикса: -ов- и -ик-. Слово образовано префиксально-суффиксальным способом (под- ... -ик) от прилагательного осиновый; производящая основа осинов- сама является производной: образована от существительного осин-а с помощью суффикса -ов. Таким способом образованы некоторые немногочисленные названия грибов, ср.: подберезовик, поддубовик.

В существительном подберезовик два суффикса: -ов- и -ик-. Слово образовано префиксально-суффиксальным способом (под- ... -ик) от прилагательного березовый; производящая основа березов- сама является производной: образована от существительного берез-а с помощью суффикса -ов. Таким способом образованы некоторые немногочисленные названия грибов, ср.: подосиновик, поддубовик.