Здесь действительно нужно поставить закрывающую запятую, только не после причастного оборота, а после определительного придаточного с союзным словом который. Для оптимизации пунктуационного оформления высказывания рекомендуем заключить вставную конструкцию в скобки, а не в двойные тире: ...монастырь, на настоятеля которого он возлагал столько надежд (и небезосновательно, отнюдь не безосновательно!), разграблен и сожжён викингами, настоятель убит.

Мне всегда везёт с ними — это отдельное предложение, грамматически не связанное с остальными частями высказывания (они образуют сложноподчиненное предложение Я договорился с подрядчиками, чтобы остатками асфальта залатали ямы). Иначе говоря, это вставная конструкция. Наиболее уместны в таком случае скобки: Я договорился с подрядчиками (мне всегда везёт с ними), чтобы остатками асфальта залатали ямы.

При отрицании возможен как родительный, так и винительный падеж. В данном случае предпочтителен родительный падеж: не мог сдержать раздражения. См. подробнее в «Письмовнике».

Разграничение указанных Вами функций многоточия в цитате правилами не предусмотрено. Однако некоторые авторы последовательно заключают многоточие, указывающее на сокращение цитаты, в угловые скобки <...>. При этом отметим, что в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. Э. Чельцовой такой знак рекомендуется использовать, только если из цитаты исключается фрагмент, состоящий из целого предложения (одного или нескольких).

Предложения не однотипные. В первом примере запятая после например не нужна. Если слово например вводит присоединительную конструкцию или стоит в начале или конце обособленного оборота, то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. Но если оборот не выделен запятыми, а заключен в скобки, слово например отделяется от него запятой. Во втором предложении запятая после например нужна.

В данном случае парными тире выделяется вставная конструкция на пять частей, а после нее нужна запятая, потому что далее следует придаточная часть сложноподчиненного предложения: Они делятся настолько мелко — на пять частей, — что их становится трудно контролировать. Вместо парных тире можно использовать скобки: Они делятся настолько мелко (на пять частей), что их становится трудно контролировать.

Запятая нужна. При этом само указание на номер и том уместно заключить в скобки, потому что в этом указании существительные не в предложном падеже, в отличие от словоформы в журнале: Документ опубликован в журнале «Вестник» (№ 1, том 2). Сравним вариант с уточняющими обстоятельствами: Документ опубликован в журнале «Вестник», в № 1, в томе 2.

Стилистически нейтрально: бояться кого-чего (родительный падеж); в разговорной речи возможно: бояться кого (винительный падеж). Таким образом, нейтрально: боюсь твоей мамы, в непринужденной речи допустимо: боюсь твою маму.

В таком словосочетании верны обе формы — и оладий (родительный падеж множественного числа), и оладьи (винительный падеж множественного числа). Первая из форм указывает на небольшое количество предметов.