Об обособлении членов предложения можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», а также в «Правилах русской орфографии и пунктуации».
«Русский орфографический словарь» под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой (4-е изд. М., 2012) фиксирует прилагательное тимьянный (образуется от тимьян) и тимьянниковый (от тимьянник).
Кавычки не ставятся: автомат Калашникова; калашников. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Но ведь и лист в данном случае не русский "лист", а список (англ. list). Поэтому уместно заимствовать термин целиком: референс-лист. Или искать иной перевод (перечень референций).
Словарная фиксация: байопик (на первом слоге). См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Названия литературных произведений и периодических изданий, представляющие собой словосочетания с родовым наименованием, пишутся в кавычках. Правильно: «Российская газета», «Литературная газета», «Газета», «Русский журнал» и т. д.
Наиболее корректный перевод в данном случае: Берлинский Гумбольдтовский университет. При этом целесообразным было бы направить в университет запрос об официальном переводе его названия на русский язык.
Правильны два варианта: йога-терапия и йоготерапия. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
Правильно слитное написание: пусконаладка, пусконаладочные работы. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.
