Такое оформление возможно. Но читателю будет проще, если использовать скобки:

Модель языка, использующая пять факторов (слово, лемма, основа слова, часть речи, морфологический тег слова), оценивающая...

В справочнике Д. Э. Розенталя «Прописная или строчная?» (7-е изд., М., 2005) рекомендовано писать Театр эстрады (неофициальное название, при полном официальном Московский государственный театр эстрады), Театр на Малой Бронной (неофициальное название, при полном официальном Московский драматический театр на Малой Бронной). По аналогии: Театр оперы и балета.

1. После Ц пишется Ы в суффиксе прилагательных -ын: сестрицын, лисицын, Троицын день. Однако в русских фамилиях после Ц может писаться как Ы, так и И – в соответствии с традицией и с регистрацией в официальных документах. Ср.: Солженицын, но Ельцин, Вицин. Вашу фамилию надо писать так, как она зафиксирована в Вашем паспорте.

2. Остановите – форма изъявительного наклонения, остановите – повелительного. Если предложение вопросительное, верно: остановите? Если предложение восклицательное, верно: остановите!

Правильно: У него, то есть у меня, разболелась голова.

Классические правила типографики требуют, чтобы кавычки были того же начертания, что и заключенный в них текст. Если текст набран полужирным начертанием, то и кавычки должны быть такие же. Поэтому рекомендуем: ...слова «специальность „Филология“» указывают на то, что...

Структурный принцип пунктуации требует постановки запятых в приведенных Вами примерах. Однако в некоторых случаях действие структурного принципа ограничено. Д. Э. Розенталь писал о таком ограничении для распространенных определений: «Не обособляются распространенные определения <...> стоящие после определяемого существительного, если последнее само по себе в данном предложении не выражает нужного смысла и нуждается в определении: Марья Дмитриевна приняла вид достойный и несколько обиженный (Т.) — сочетание слов приняла вид не имеет смысла; Чернышевский создал произведение в высшей степени оригинальное и чрезвычайно замечательное (Д.П.); Вы выбрали судью довольно строгого (Л.); Вернер — человек замечательный по многим причинам (Л.); Если вы человек себя уважающий… то непременно напроситесь на ругательства (Дост.); Попытки писать просто приводили к результатам печальным и смешным (М.Г.) — без последующих двух определений существительное не выражает нужного понятия; Это была улыбка необыкновенно добрая, широкая и мягкая (Ч.); Нас встретил мужчина стройный и приятной наружности; С портрета смотрит на вас лицо умное и весьма выразительное (ср.: …лицо женщины, поразительно красивое); Все они оказались учениками хорошо подготовленными; Деление — действие обратное умножению; Мы часто не замечаем вещей куда более существенных; Вошёл пожилой человек с черепом лысым, как у апостола». Примеры, которые Вы привели, подходят под это правило.

Обращение – слово многозначное; по-видимому, именно это Вас и смутило. Первое значение данного существительного – действие по глаголу обратиться – обращаться; в этом смысле Ваше заявление, конечно же, является обращением к начальнику. И указывает на лицо, к которому Вы обращаетесь, местоимение Вас.

Однако слово Вас не является обращением в лингвистическом смысле этого слова. В грамматике обращение (лингвистический термин) – это слово или словосочетание, называющее лицо (реже – предмет), к которому обращена речь. Обращение грамматически не связано с предложением, не является членом предложения, может занимать в предложении любое место. Обращение выражается существительным (или любой частью речи в функции существительного) в форме именительного падежа. Именно такое обращение выделяется запятыми (или после него ставится восклицательный знак). Вот примеры: Не вешать нос, гардемарины! (Ряшенцев). Автобус новенький, спеши, спеши (Окуджава). Здравствуйте, Иван Петрович!

В рассматриваемом же предложении местоимение Вы стоит в форме винительного падежа, является членом предложения – дополнением (прошу кого? – Вас) и не может быть переставлено в другое место предложения (невозможно:  прошу предоставить мне Вас отпуск, но ср.: прошу предоставить мне, Иван Петрович, отпуск). Местоимение Вас не является обращением и не требует постановки запятых. А пишется оно с прописной буквы согласно правилу: местоимение Вы пишется с прописной при вежливом обращении (действии!) к одному лицу.

В предложении возможны два разных варианта постановки знаков препинания при приложении физическим лицам, относящемся к существительному доверителям. Эти варианты передают разный смысл. 

1. Одиночное тире после доверителям, заменяющее собой дефис. Если бы приложение было однословным, его нужно было бы писать через дефис (например: доверитель-организация). Согласно правилам координации, если приложение неоднословное, дефис заменяется на тире: При этом доверителям — физическим лицам доступна упрощенная регистрация... (См. параграф 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.) В этом случае в предложении будет «прочитываться» не только то, что тому доверителю, который является физическим лицом, доступна упрощенная регистрация, но и то, что другим типам доверителей она недоступна; сами же эти типы существуют.

2. Выделение приложения физическим лицам с двух сторон запятыми или парным тире, например: При этом доверителям — физическим лицам — доступна упрощенная регистрация... В таком случае сочетание физическим лицам станет пояснением к слову доверителям. «Пояснительные члены предложения равнозначны поясняемым, но называют их по-другому» (параграф 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), а значит, в предложении будет подразумеваться, что доверителями могут быть только физические лица и что иных типов доверителей не существует.

Это весьма спорный вопрос. Никакой грамматической необходимости в постановке этой запятой нет. Однако она ставится по традиции, заимствованной из образцов англоязычной переписки. Необходимость постановки какого-либо знака в этой фразе ощущается носителями русского языка интуитивно, поскольку она по сути представляет собой неполное предложение, которое может быть развернуто, например, так: С уважением относящийся к Вам NN (в позапрошлом веке она звучала более витиевато и представляла собой полное предложение: Примите уверение в моем совершеннейшем к Вам почтении. NN).
В ситуативно неполных предложениях (которые, кстати, становятся все более употребительными в современной разговорной речи) обычно на месте пропуска значимых членов предложения ставится тире. Однако, поскольку выражение типа "С уважением NN" применяется исключительно как этикетная формула эпистолярного стиля, традицией стало графическое отделение частей такого предложения, что вполне заменяет собой знак препинания (то есть тире, но не запятую, которой в этой конструкции нечего отделять или выделять). Можно перенести подпись на строчку ниже или разместить фразу слева, а Вашу подпись справа на странице, например:

С уважением

                                                                                  Екатерина Михайлова

См. в современных справочниках по делопроизводству или культуре письменной речи, например: Культура устной и письменной речи делового человека. Справочник-практикум. — М.: Флинта: Наука, 2000.

Такие фамилии испытывают колебания в склонении. Фамилии большинства наших соотечественников, оканчивающиеся на ударный гласный -А, склоняются: фильм Александра Митты. Сведения о склонении подобных фамилий зарубежных деятелей необходимо получать в словарях.