Оба варианта верны. Это сочетание может произноситься двояко: с ударением на предлоге в соответствии со старшей нормой или с ударением на существительном в соответствии с младшей нормой.

Правильно и в первом примере, и во втором. А вот и сами правила:

Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).

Если оборот заключен в скобки, то стоящее в его начале или конце вводное слово отделяется запятой по общему правилу.

Запятая нужна. На стыке двух подчинительных союзов запятая ставится, если вторую придаточную часть можно изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения (Она была абсолютно убеждена, что один на один по скорости она не уступит никому).

Правило распространяется на наречия, образованные из сочетания предлога по и полных прилагательных или притяжательных местоимений (по-хорошему, по-моему, по-всякому). Один – особое слово, которое «совмещает в себе формальные признаки прилагательного с функциями количественного числительного» (определение академической «Русской грамматики»). Надо запомнить, что сочетание по одному в знач. 'поодиночке, следуя друг за другом' пишется раздельно: Кто хотит на Колыму – выходи по одному! Но: сделать сначала по-одному, затем по-другому.

В этом случае корректно раздельное написание не полученную (неустойку), так как сообщается о действии, не выполненном человеком.

Запятая в этом случае не нужна.

Предложение перегружено и оттого трудно воспринимается. Его нужно разбить на два предложения.

Об обособлении оборотов по крайней мере и в конце концов см. в «Справочнике по пунктуации». На стыке союзного слова и союза (который если) запятая не ставится, если в главной части есть вторая часть союза если... то.