Если есть родовое слово, то название в кавычках не склоняется: работа выполнена в федеральном государственном бюджетном учреждении "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н. Н. Петрова".

Существительное ара 'попугай' несклоняемое. Правильно: мы повстречали голубого ара.

Записи в тетради Восьмое октября, Классная работа, Домашняя работа, Упражнение № 1 являются заголовками. Точки после заголовков не ставятся. Правило можно прочитать в любом издании свода «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина (примечание к параграфу 2 раздела «Пунктуация»).

Однако в школе существует давняя методическая традиция: для формирования привычки завершать предложение точкой ставить ее и после всех заголовков. Весьма вероятно, что эта традиция связана со старой пунктуационной нормой, в соответствии с которой еще в начале ХХ века даже на обложках книг после заголовков точка ставилась. Учителя часто считают отсутствие точки ошибкой.

Сочетание глубокие недра не является плеоназмом. Оно употребляется и в художественной, и в научной литературе: Тут бог знает из каких глубоких недр вылезают наружу старые, заржавленные, давно забытые предрассудки (А. Куприн); Их используют для объяснения процессов, происходящих в земной коре и в глубоких недрах земли, а также для изучения минералообразования (Журн. «Наука и жизнь»)

Помета чего означает, что слово в этом значении управляет родительным падежом зависимого слова. Далее в словаре приводится пример употребления: патриот (чего?) своего завода.

Корректно: Военные моряки всегда приумножали славу флота нашей страны: в истории немало ярких примеров верности долгу, мужества, героизма, беззаветной преданности Отечеству. И сегодня моряки-балтийцы достойно продолжают традиции, успешно обеспечивая обороноспособность страны, защищая национальные интересы.

Взаимная лексическая сочетаемость этих двух слов сомнительна. Лучше избегать употребления такого сочетания.