Запятая не ставится, т. к. невозможно изъять из предложения придаточную часть когда наконец понял, где находится. 

Указанные запятые не нужны.

Произношение не зависит от значения. Основной вариант: след[ую]щий, в беглой речи возможно: след[у]щий.

Возможные варианты постановки знаков препинания в зависимости от того, какое значение автор придаёт причине появления «здесь» святой воды:

• Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке: ну а вдруг кто помянуть захочет?
• Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке (ну а вдруг кто помянуть захочет?). 

Пунктуация при оборотах с предлогами от... до... не кодифицирована. В Вашем случае этот оборот служит пояснением к сочетанию в десятках городов, поэтому его уместно, как любое пояснение, отделить запятой или тире.

Аббревиатуры, написанные латиницей, принято писать с определяемым словом через дефис.

Ваш вариант корректен. Обороты с причастиями имеющее и состоящее характеризуют не воды, а их сосредоточение, так что именно с этим существительным и следует согласовать названные причастия.

Если подлежащее выражено счетным оборотом со значением приблизительности, предпочтительной является форма единственного числа сказуемого: признается. См. об этом в «Письмовнике».

Да, такие сочетания называют мёртвыми метафорами. См.: 

Ричардс, Ай­вор  А. Фило­со­фия ри­то­ри­ки / А. А. Ричардс ; пер. с англ. Р. И Ро­зи­ной // Тео­рия ме­та­фо­ры / вступ. ст., сост. Н. Д. Ар­утю­но­вой ; пер. под ред. Н. Д. Ар­утю­но­вой и М. А. Жу­рин­ской. – М., 1990. – С. 44–67. 

"Разрешите мне теперь привести пример простейшей, всем знакомой метафоры ножка стола. Мы называем эту метафору мертвой, но она очень легко оживает. Чем отличается она от использования слова в прямом или буквальном значении в та­ком, например, выражении, как нога лошади*.
/* В английском языке, в отличие от русского, вместо двух слов ножка и нога есть лишь одно слово leg — Прим. перев./
Очевидное раз­личие состоит в том, что ножка стола обладает лишь несколькими признаками из числа тех, которыми наделена нога лошади. Нож­ки стола не ходят, они только поддерживают его. В подобных случаях мы называем общие признаки основой метафоры. В приведенном примере мы легко находим основу метафоры, но очень часто это оказывается невозможным. Метафора способна прекрасно работать и тогда, когда мы не можем судить о том, как она работает или что лежит в основе переноса.
<…> Вернемся снова к примеру со словом нога. Мы замечаем, что даже здесь границу между буквальным и метафорическим употреблением слова нельзя считать полностью стабильной или постоянной. В каких случаях это слово используется буквально? У лошади есть ноги в буквальном смысле этого слова, так же, как и у паука. Но что сказать о шимпанзе? Сколько у него ног — две или четыре? А морская звезда? Что у нее — руки, ноги или не то и не другое? А если у человека деревянная нога, что имеется в виду — нога в метафорическом или в буквальном смысле? Можно ответить, что здесь сочетаются оба смысла. С одной точки зрения, слово нога используется в буквальном смысле, а с другой —в метафорическом. 
Слово может одновременно вы­ ступать в своем прямом и метафорическом значениях, так же как на основе этого слова может быть одновременно создано несколько метафор или же в одном значении сливаться несколь­ко. Этот тезис представляется нам крайне важным, поскольку очень часто неверные теории возникают из-за убеждения в том, что, если слово функционирует каким-то одним образом, оно не может в то же самое время функционировать по-другому и иметь одновременно разные значения.