В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.
Данные конструкции полностью соответствуют нормам русского языка. Здесь перед нами переносное значение, основанное на метонимии — когда два явления, реально связанные друг с другом (пространственно, ситуативно, логически и т. д.), получают одно наименование, называются одним словом. Связь в данном случае такая: организация и люди, в ней работающие. Банк предупредил = сотрудники банка предупредили.
В этом прилагательном выделяется корень прекрасн- и окончание -ый. Велик соблазн увидеть здесь приставку пре- и корень -крас-, но в современном русском языке прекрасный утратило живые словообразовательные связи со словами, имеющими корень крас-, а красный в современном языке называет цвет и не используется в значении 'красивый'. Поэтому выделяем корень прекрасн-.
В этом предложении союзом и соединены однородные сказуемые занялся и конспектировал, которые относятся к подлежащему я. Союз и передает тесную связь двух ситуаций. Чтобы подчеркнуть тот факт, что ситуации имели место в разное время, вместо союза и можно использовать союз а: Годом позже я занялся стенографией, а в институте уже скорописью конспектировал лекции.
В этих случаях причастный оборот стоит после определения-прилагательного и перед определяемым словом (т. е. разрывает непосредственную связь прилагательного и существительного): В старом, стоящем на холме доме гулял ветер; На нее смотрели темные, горящие ненавистью глаза. См. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
С исторической точки зрения такая проверка совершенно справедлива: коньки образовано от конь и названы так по форме и функции (ранее, как правило, полозья спереди украшались фигурками, похожими на лошадиную голову). Но в современном языке эти слова уже не являются однокоренными, живая связь между ними потеряна, поэтому слово коньки в школе дается как словарное.
В этом предложении причастие связано не только с определяемым именем Анну Николаевну (согласуется с ним в роде и числе), но и с глаголом-сказуемым заставала, который обусловил творительный падеж причастия (заставала (какой?) сидящей). Такая тесная связь со сказуемым препятствует обособлению причастного оборота (см. пункт 3 параграфа 18.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Нужна запятая между однородными определениями, так как причастный оборот стоит после определения-прилагательного и перед определяемым словом (т. е. разрывает непосредственную связь прилагательного и существительного): Под влиянием непростых обстоятельств формировалось мировоззрение выдающегося, получившего Нобелевскую премию писателя. См. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Обстоятельственный оборот с предлогом в соответствии, находящийся между подлежащим и сказуемым, нужно обособить: В связи с вышеизложенным Ваше обращение, в соответствии с частью 3 статьи 8 Федерального закона от 02.05.2006 № 59-ФЗ «О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации», направлено для рассмотрения в Министерство внутренних дел по Республике Башкортостан.